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jerryzyy

金虫 (小有名气)

[求助] 关于荧光定量的问题

我做的是用荧光定量来分析土壤微生物的群落的大小的,我是用sybr green染料的我刚接触荧光定量,有几个不明白的问题还请大家帮帮忙?
1 我如何确定我是应该用相对定量还是绝对定量来做呢,我要用质粒来做标准曲线这个能说明我该用什么定量吗
2管家基因,目的基因和参比基因都是用来干什么的,能具体讲一下吗?
3什么情况下需要做标准曲线,还是都需要做
4 我是提的土壤DNA,我需要用常规的PCR先摸一下条件再做荧光定量吗、各种不懂啊
5我现在对荧光定量PCR的了解只是一段段的感觉连不起来,不能系统的知道,整个具体步骤应该怎么做,请大家帮帮忙啊,查的文献对于我这个初学者有点看不懂。
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+4, 鼓励发帖交流问题。 2012-10-03 19:47:24
jerryzyy: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-10-04 09:55:43
1 我如何确定我是应该用相对定量还是绝对定量来做呢,我要用质粒来做标准曲线这个能说明我该用什么定量吗
绝对定量把,用QPCR作相对定量那还不如用普通RTPCR了嘛哈。标准曲线在第三个问题里说。

2管家基因,目的基因和参比基因都是用来干什么的,能具体讲一下吗?
目的基因没有什么好说的,当然就是看你目的基因的表达量了啊。管家基因和参比基因是一回事(就是在不同生物的不同发育阶段其表达量基本一致,可以用来作为参照),是用来标准化你的目的基因的,楼主可以在GOOGLE里搜有一下NORMALISE, QPCR,应该有说明。

3什么情况下需要做标准曲线,还是都需要做
做绝对定量都需要,否则如何确定其绝对量呢,用质粒稀释成不同倍数作为模板,用你设计的特异引物来做即可。此外,你可以下载一个STEPONE SOFTWARE,里面有一些帮助说明,你可以仔细阅读一下。

4 我是提的土壤DNA,我需要用常规的PCR先摸一下条件再做荧光定量吗、各种不懂啊
是的,在做QPCR之前,是要用普通PCR摸索一下引物条件,一般是指大体退火温度。因为QPCR和普通PCR的BUFFER并不一致,因此,普通PCR结果只是给QPCR提供一个退火温度的参考。普通PCR退火温度摸索好后(例如60度为最适温度),做QPCR,就在60左右几度来做几个温度,找最好的条件就行了。

5我现在对荧光定量PCR的了解只是一段段的感觉连不起来,不能系统的知道,整个具体步骤应该怎么做,请大家帮帮忙啊,查的文献对于我这个初学者有点看不懂。
多看一点别人的有关QPCR的帖子,在实践中摸索可以,有不懂就随时到小木虫发问即可。
3楼2012-10-03 12:47:47
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jerryzyy

金虫 (小有名气)

对了还有各种对照什么的都要有什么对照,该怎么设置啊
2楼2012-10-03 10:48:08
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jerryzyy

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by chenguestc at 2012-10-03 12:47:47
1 我如何确定我是应该用相对定量还是绝对定量来做呢,我要用质粒来做标准曲线这个能说明我该用什么定量吗
绝对定量把,用QPCR作相对定量那还不如用普通RTPCR了嘛哈。标准曲线在第三个问题里说。

2管 ...

非常感谢你的解答啊,明白了不少东西,还有就是,我做荧光定量需要设置什么对照啊,对了,金币我应该怎么给你啊,我刚来,不太会玩这个额
4楼2012-10-03 21:47:39
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

可以设置一个空白对照即可。用灭菌双蒸水(如果你最后稀释CDNA时用的这个的话)做模板,该管PCR最后溶解曲线应该没有PEAK,是断续的,这样就说明你的实验可以排除水污染的问题。这个是阴性对照,如果你有其他阳性对照也可以加上,如果没有也没有关系。
5楼2012-10-03 23:01:00
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