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请教蛋白双向电泳与质谱方面的一些问题
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1.请问能直接从双向电泳图上分辨出结构蛋白与功能蛋白吗？ 2.上图是我蛋白点的质谱分析结果，如何从中挑选有意义的点做二级质谱？挑峰度高的吗？ 3.做二级质谱的话可以确定肽的序列吗？看到过一个帖子说通过二级质谱，根据碎片的b和y系列离子可以推出序列，请问大家有相关文章吗？ 请各位大神多多指教。 我是我们实验室第一个做蛋白的，根本没基础，看了些文章，感觉还是步履蹒跚，可以给些蛋白质谱分析的文献资料什么的吗，先谢谢大家啦！！  120_P181.jpg |
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 蛋白质生物学实验经验 | 【分子生物】EPI帖 | 电泳、bio-rad 电转化仪及操作 |
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凌波丽
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1.请问能直接从双向电泳图上分辨出结构蛋白与功能蛋白吗？ 答：从序列即可预测除蛋白质的功能，参见： D. J. Rigden Edits, From Protein Structure to Function with Bioinformatics(2009) http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6382178 当然有不少误差。 但是我不懂蛋白质何以分为结构蛋白与功能蛋白？哪种蛋白质没有功能？ 2.上图是我蛋白点的质谱分析结果，如何从中挑选有意义的点做二级质谱？挑峰度高的吗？ 答：质谱分析要对比不同条件下的质谱峰，尤其是峰高和峰位置在不同条件下改变的那些峰。有许多有价值的质谱峰本身不高，比如用MADLI-MS检测蛋白质-蛋白质相互作用的时候，出现的蛋白质-蛋白质相互作用的特异性质谱峰就不高。蛋白点的质谱分析结果，如何从中挑选有意义的点做二级质谱，要看你具体的操作目地了，峰高与峰对应的肽片段或氨基酸正离子的丰度有关，但是那种肽片段或氨基酸正离子不是你需要的也没用，甚至可能就不是的肽片段或氨基酸正离子的质谱峰也有可能，与你的样品制备也有关系。 |
9楼2014-08-21 12:21:32
dshlove
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【答案】应助回帖
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小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励应助 2012-09-13 14:34:20
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小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励应助 2012-09-13 14:34:20
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1.电泳只是起到蛋白分子量鉴定的作用，而且双向电泳更多是来确定目的蛋白的。不能通过电泳分辨出结构蛋白与功能蛋白。 2.如果你是用Q-tof的，建议你每一个都做一下二级谱图，毕竟你不知道一级谱得到的是蛋白碎片还是杂蛋白。 3.二级谱理论上是不能直接做未知蛋白序列的分析的。未知序列更多是要依赖酶切或者化学方法水解，并且只能测得N端或者C端的十几个氨基酸。 但是可以分析已知序列上的修饰，比如二硫键什么的。当然碰撞池的碰撞概率不同，有时候可能得不到你需要的碎片。 至于文章，可以去google上找，很多的，看别人是怎么做的，但是我觉得更多还是要靠自己去摸索的。 希望能帮上。 |
2楼2012-09-13 10:59:52
3楼2012-09-13 11:54:09
dshlove
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4楼2012-09-13 12:43:20