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bydw1989

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教蛋白双向电泳与质谱方面的一些问题

1.请问能直接从双向电泳图上分辨出结构蛋白与功能蛋白吗？

2.上图是我蛋白点的质谱分析结果，如何从中挑选有意义的点做二级质谱？挑峰度高的吗？

3.做二级质谱的话可以确定肽的序列吗？看到过一个帖子说通过二级质谱，根据碎片的b和y系列离子可以推出序列，请问大家有相关文章吗？

请各位大神多多指教。

       我是我们实验室第一个做蛋白的，根本没基础，看了些文章，感觉还是步履蹒跚，可以给些蛋白质谱分析的文献资料什么的吗，先谢谢大家啦！！

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1楼 2012-09-12 21:47:08
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bydw1989

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dshlove at 2012-09-13 10:59:52
1.电泳只是起到蛋白分子量鉴定的作用，而且双向电泳更多是来确定目的蛋白的。不能通过电泳分辨出结构蛋白与功能蛋白。
2.如果你是用Q-tof的，建议你每一个都做一下二级谱图，毕竟你不知道一级谱得到的是蛋白碎片还 ...

我用的MALDI-TOF，需要每个都做二级质谱吗？还是通过两个差异蛋白对比选峰度差别最大的呢？求指点，谢谢啦~~
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3楼2012-09-13 11:54:09
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dshlove

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励应助 2012-09-13 14:34:20
1.电泳只是起到蛋白分子量鉴定的作用，而且双向电泳更多是来确定目的蛋白的。不能通过电泳分辨出结构蛋白与功能蛋白。
2.如果你是用Q-tof的，建议你每一个都做一下二级谱图，毕竟你不知道一级谱得到的是蛋白碎片还是杂蛋白。
3.二级谱理论上是不能直接做未知蛋白序列的分析的。未知序列更多是要依赖酶切或者化学方法水解，并且只能测得N端或者C端的十几个氨基酸。
但是可以分析已知序列上的修饰，比如二硫键什么的。当然碰撞池的碰撞概率不同，有时候可能得不到你需要的碎片。
至于文章，可以去google上找，很多的，看别人是怎么做的，但是我觉得更多还是要靠自己去摸索的。
希望能帮上。
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2楼2012-09-13 10:59:52
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dshlove

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by bydw1989 at 2012-09-13 11:54:09
我用的MALDI-TOF，需要每个都做二级质谱吗？还是通过两个差异蛋白对比选峰度差别最大的呢？求指点，谢谢啦~~...

如果只是单一的一种蛋白，那么一般一级质谱分析后选取强度较大的峰进行二级质谱分析。
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4楼2012-09-13 12:43:20
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bydw1989

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dshlove at 2012-09-13 12:43:20
如果只是单一的一种蛋白，那么一般一级质谱分析后选取强度较大的峰进行二级质谱分析。...

我有个疑问，像目的基因，我们可以通过片段的拼接来得到这个目的基因。那我把蛋白通过质谱打碎后得到的是小的片段，通过数据库搜索得到的不也是这一个个小的多肽的信息吗，并不是之前的大片段啊。求指点，谢谢~~~
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5楼2012-09-13 19:47:49
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