| 查看: 2635 | 回复: 8 | ||||||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | ||||||
[求助]
请教蛋白双向电泳与质谱方面的一些问题
|
||||||
|
1.请问能直接从双向电泳图上分辨出结构蛋白与功能蛋白吗？ 2.上图是我蛋白点的质谱分析结果，如何从中挑选有意义的点做二级质谱？挑峰度高的吗？ 3.做二级质谱的话可以确定肽的序列吗？看到过一个帖子说通过二级质谱，根据碎片的b和y系列离子可以推出序列，请问大家有相关文章吗？ 请各位大神多多指教。 我是我们实验室第一个做蛋白的，根本没基础，看了些文章，感觉还是步履蹒跚，可以给些蛋白质谱分析的文献资料什么的吗，先谢谢大家啦！！  120_P181.jpg |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 蛋白质生物学实验经验 | 【分子生物】EPI帖 | 电泳、bio-rad 电转化仪及操作 |
» 猜你喜欢
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有211人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
-
氢氧化钾活化操作
已经有18人回复
-
散金
已经有68人回复
-
生物质超级电容器
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助：蛋白质双向电泳，样品制备
已经有5人回复
- （求助）蛋白质双向电泳胶显色后怎么会跑成这个样子。。。
已经有10人回复
- 请教各位大侠：双向电泳蛋白定量用bradford法的问题！！
已经有19人回复
- 跑植物叶片蛋白的双向电泳 需要点Mark吗 多大分子量的啊 还有 多大的胶条可以啊
已经有22人回复
- 双向电泳，等电聚焦后，胶条酸端，总是能看到白色蛋白，这该怎么解决啊 ？？？？
已经有6人回复
- 武汉哪里有做双向电泳和质谱分析？
已经有5人回复
- 求助：关于质谱与蛋白质三级结构的问题！
已经有4人回复
- 双向电泳，蛋白样品除盐有用透析的吗？好操作吗？
已经有8人回复
- 双向电泳，蛋白定量测定用方法的讨论
已经有14人回复
- 双向电泳里，蛋白酶抑制剂要不要加EDTA呢？
已经有8人回复
- 双向电泳，刚提出来的总蛋白，在裂解液里可以4度放多久啊？
已经有12人回复
- 双向电泳提总蛋白，如何除盐啊？
已经有10人回复
- 双向电泳，全蛋白提取，哪个公司试剂盒好啊
已经有8人回复
- 一般蛋白marker上样，需要100度煮沸5分钟，双向电泳上样蛋白样品是否需要煮沸呢？？
已经有6人回复
dshlove
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 17
- 应助: 237 (大学生)
- 金币: 4764.7
- 散金: 20
- 红花: 10
- 帖子: 852
- 在线: 419.2小时
- 虫号: 1609389
- 注册: 2012-02-10
- 性别: GG
- 专业: 污染控制化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励应助 2012-09-13 14:34:20
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励应助 2012-09-13 14:34:20
|
1.电泳只是起到蛋白分子量鉴定的作用，而且双向电泳更多是来确定目的蛋白的。不能通过电泳分辨出结构蛋白与功能蛋白。 2.如果你是用Q-tof的，建议你每一个都做一下二级谱图，毕竟你不知道一级谱得到的是蛋白碎片还是杂蛋白。 3.二级谱理论上是不能直接做未知蛋白序列的分析的。未知序列更多是要依赖酶切或者化学方法水解，并且只能测得N端或者C端的十几个氨基酸。 但是可以分析已知序列上的修饰，比如二硫键什么的。当然碰撞池的碰撞概率不同，有时候可能得不到你需要的碎片。 至于文章，可以去google上找，很多的，看别人是怎么做的，但是我觉得更多还是要靠自己去摸索的。 希望能帮上。 |
2楼2012-09-13 10:59:52
3楼2012-09-13 11:54:09
dshlove
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 17
- 应助: 237 (大学生)
- 金币: 4764.7
- 散金: 20
- 红花: 10
- 帖子: 852
- 在线: 419.2小时
- 虫号: 1609389
- 注册: 2012-02-10
- 性别: GG
- 专业: 污染控制化学
4楼2012-09-13 12:43:20
5楼2012-09-13 19:47:49
dshlove
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 17
- 应助: 237 (大学生)
- 金币: 4764.7
- 散金: 20
- 红花: 10
- 帖子: 852
- 在线: 419.2小时
- 虫号: 1609389
- 注册: 2012-02-10
- 性别: GG
- 专业: 污染控制化学
6楼2012-09-13 23:07:52
凌波丽
专家顾问 (知名作家)
-
专家经验: +218 - MolEPI: 44
- 应助: 397 (硕士)
- 贵宾: 0.044
- 金币: 2119.9
- 散金: 10
- 红花: 209
- 帖子: 5633
- 在线: 571.6小时
- 虫号: 1766465
- 注册: 2012-04-19
- 性别: MM
- 专业: 生物大分子结构与功能
- 管辖: 生物科学综合
|
做二级质谱的话可以确定肽的序列吗？看到过一个帖子说通过二级质谱，根据碎片的b和y系列离子可以推出序列，请问大家有相关文章吗？ 请各位大神多多指教。 用MS-MS对多肽测序的问题，我回答过，请见： 确定蛋白质—多肽相互作用结合位点的实验设计：凌波丽个人总结之二 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6739957 但是MS-MS只能从头测定出大约40个氨基酸以下的多肽的序列，再多的话就无能为力了，而且需要相关的软件。 要具体了解可见：魏开华、应天翼 等 编著，蛋白质组学实验技术精编，化工出版社，2010,101-103. |
7楼2014-08-21 12:03:03
凌波丽
专家顾问 (知名作家)
-
专家经验: +218 - MolEPI: 44
- 应助: 397 (硕士)
- 贵宾: 0.044
- 金币: 2119.9
- 散金: 10
- 红花: 209
- 帖子: 5633
- 在线: 571.6小时
- 虫号: 1766465
- 注册: 2012-04-19
- 性别: MM
- 专业: 生物大分子结构与功能
- 管辖: 生物科学综合
|
用MS-MS对多肽的从头测序 不是 用MS测定蛋白质的酶解片段从数据库中鉴定出已知的蛋白质！两者是不同的过程！请见：魏开华、应天翼 等 编著，蛋白质组学实验技术精编，化工出版社，2010,101-105，里面对两种质谱操作说的很清楚，另外还有不少英文版的MS指导书具体说明了用MS-MS对多肽的从头测序 和 用MS测定蛋白质的酶解片段从数据库中鉴定出已知的蛋白质这两种截然不同的操作。 另外也可以用Ladder Sequencing 方法（阶梯法）对蛋白质进行从头测序，这就是将MS与Edman降解法两者结合，Edman降解从N末端每次降解下来一个氨基酸，形成PTH-AA，然后此PTH-AA不用HPLC通过分子量鉴定，而是通过MS鉴定出其分子量，进而通过MS获得Edman降解从N末端每次降解下来一个氨基酸的身份，周而复始获得此蛋白质的全序列。 |
8楼2014-08-21 12:11:14
凌波丽
专家顾问 (知名作家)
-
专家经验: +218 - MolEPI: 44
- 应助: 397 (硕士)
- 贵宾: 0.044
- 金币: 2119.9
- 散金: 10
- 红花: 209
- 帖子: 5633
- 在线: 571.6小时
- 虫号: 1766465
- 注册: 2012-04-19
- 性别: MM
- 专业: 生物大分子结构与功能
- 管辖: 生物科学综合
|
1.请问能直接从双向电泳图上分辨出结构蛋白与功能蛋白吗？ 答：从序列即可预测除蛋白质的功能，参见： D. J. Rigden Edits, From Protein Structure to Function with Bioinformatics(2009) http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6382178 当然有不少误差。 但是我不懂蛋白质何以分为结构蛋白与功能蛋白？哪种蛋白质没有功能？ 2.上图是我蛋白点的质谱分析结果，如何从中挑选有意义的点做二级质谱？挑峰度高的吗？ 答：质谱分析要对比不同条件下的质谱峰，尤其是峰高和峰位置在不同条件下改变的那些峰。有许多有价值的质谱峰本身不高，比如用MADLI-MS检测蛋白质-蛋白质相互作用的时候，出现的蛋白质-蛋白质相互作用的特异性质谱峰就不高。蛋白点的质谱分析结果，如何从中挑选有意义的点做二级质谱，要看你具体的操作目地了，峰高与峰对应的肽片段或氨基酸正离子的丰度有关，但是那种肽片段或氨基酸正离子不是你需要的也没用，甚至可能就不是的肽片段或氨基酸正离子的质谱峰也有可能，与你的样品制备也有关系。 |
9楼2014-08-21 12:21:32
10