| 查看: 2132 | 回复: 3 | ||
[求助]
lammps 原子散开
|
|
各位好： 请教一个问题，采用LAMMPS做模拟时，对初始结构各个原子的坐标位置是否必须在所建立的盒子的内？比如说盒子尺寸x，y，z方向尺寸都为（0,10），周期性边界，对盒子中的某一水分子，其中一H原子坐标为（-0.6,3.2,9.3），O原子（0,3.7,9.5），另一H原子（0.6,3.2,9.3），运行后，这三个原子的坐标对应为H (9.3，3.2,9.3），O（10.1,3.7，9.5），H（0.8,3.2,9.2），就是说运行后这个水分子分开了，一H原子位于盒子左侧，另两个原子位于盒子右侧，当将盒子尺寸改为（-1,10）时，同样的条件运行后，这个水分子显示正常，请问出现这种情况，是怎么回事？是否初始结构各个原子的坐标位置必须在所建立的盒子的内？还是和运行过程有关？ |
回复此楼» 猜你喜欢
2本，初试303，0860求调剂
已经有4人回复
-
286求调剂
已经有26人回复
-
335求调剂
已经有11人回复
-
293求调剂
已经有9人回复
-
290调剂生物0860
已经有25人回复
-
295分求调剂
已经有11人回复
-
一志愿华中农微生物，288分，三年实验经历
已经有11人回复
-
材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组
已经有4人回复
-
求助调剂，跨调
已经有12人回复
-
308求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- lammps求助：计算含有不同原子体系的热导率的in文件该怎么修改
已经有7人回复
- lammps的时间步长问题
已经有16人回复
- 薄膜在lammps条件下的谐振
已经有5人回复
- LAMMPS Error:lost atoms
已经有7人回复
- 【求助】LAMMPS-运行报错
已经有9人回复
- 【求助】lammps安装过程中，在安装fftw的过程中遇到问题
已经有8人回复
- 【讨论】想学lammps是否应该先学习C++
已经有28人回复
- 【讨论】lammps-怪异的group温度
已经有9人回复
- 【求助】LAMMPS、NAMD和CHARMM谁最适合生物大分子模拟？
已经有8人回复
- 【讨论】lammps里的boundary的位置能够随意更改？
已经有14人回复
- 【讨论】lammps中关于fix ave/spatial命令的输出问题
已经有4人回复
- 【讨论】lammps运行eam/fs出错
已经有38人回复
- 【求助】MS建模导入lammps问题求救
已经有14人回复
2楼2012-08-24 10:44:11
3楼2012-08-24 10:51:53
4楼2012-08-24 11:04:16
