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lammps 原子散开
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各位好: 请教一个问题,采用LAMMPS做模拟时,对初始结构各个原子的坐标位置是否必须在所建立的盒子的内?比如说盒子尺寸x,y,z方向尺寸都为(0,10),周期性边界,对盒子中的某一水分子,其中一H原子坐标为(-0.6,3.2,9.3),O原子(0,3.7,9.5),另一H原子(0.6,3.2,9.3),运行后,这三个原子的坐标对应为H (9.3,3.2,9.3),O(10.1,3.7,9.5),H(0.8,3.2,9.2),就是说运行后这个水分子分开了,一H原子位于盒子左侧,另两个原子位于盒子右侧,当将盒子尺寸改为(-1,10)时,同样的条件运行后,这个水分子显示正常,请问出现这种情况,是怎么回事?是否初始结构各个原子的坐标位置必须在所建立的盒子的内?还是和运行过程有关? |
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