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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps 原子散开
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yiha

新虫 (初入文坛)

[求助] lammps 原子散开

各位好：
         请教一个问题，采用LAMMPS做模拟时，对初始结构各个原子的坐标位置是否必须在所建立的盒子的内？比如说盒子尺寸x，y，z方向尺寸都为（0,10），周期性边界，对盒子中的某一水分子，其中一H原子坐标为（-0.6,3.2,9.3），O原子（0,3.7,9.5），另一H原子（0.6,3.2,9.3），运行后，这三个原子的坐标对应为H (9.3，3.2,9.3），O（10.1,3.7，9.5），H（0.8,3.2,9.2），就是说运行后这个水分子分开了，一H原子位于盒子左侧，另两个原子位于盒子右侧，当将盒子尺寸改为（-1,10）时，同样的条件运行后，这个水分子显示正常，请问出现这种情况，是怎么回事？是否初始结构各个原子的坐标位置必须在所建立的盒子的内？还是和运行过程有关？
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1楼 2012-08-24 09:29:50
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你用的不是周期边界条件吗？
这很正常啊
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2楼2012-08-24 10:44:11
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yiha

新虫 (初入文坛)
谢谢回复，那要怎么样使它显示正常？因为在边界上的水分子都出现了这样的问题
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-24 10:51:53
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yiha

新虫 (初入文坛)
解决了
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4楼2012-08-24 11:04:16
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