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lammps 原子散开
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各位好： 请教一个问题，采用LAMMPS做模拟时，对初始结构各个原子的坐标位置是否必须在所建立的盒子的内？比如说盒子尺寸x，y，z方向尺寸都为（0,10），周期性边界，对盒子中的某一水分子，其中一H原子坐标为（-0.6,3.2,9.3），O原子（0,3.7,9.5），另一H原子（0.6,3.2,9.3），运行后，这三个原子的坐标对应为H (9.3，3.2,9.3），O（10.1,3.7，9.5），H（0.8,3.2,9.2），就是说运行后这个水分子分开了，一H原子位于盒子左侧，另两个原子位于盒子右侧，当将盒子尺寸改为（-1,10）时，同样的条件运行后，这个水分子显示正常，请问出现这种情况，是怎么回事？是否初始结构各个原子的坐标位置必须在所建立的盒子的内？还是和运行过程有关？ |
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3楼2012-08-24 10:51:53
2楼2012-08-24 10:44:11
