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刁寒冰

银虫 (小有名气)


[交流] 测序结果分析

各位虫友们:
    PCR产物测序后,然后所得序列跟NCBI序列对比,结果有几个位置碱基突变,我想分析突变位点,在怎么做呢?是不是把所得序列翻译成氨基酸,在对比不同位置的呢?
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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5楼2012-08-02 16:37:37
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普通回帖

robert-RBT

木虫 (小有名气)



刁寒冰(金币+1): 谢谢参与
送鲜花一朵
不用那么麻烦,NCBI上就可以直接看出编码氨基酸的差异。分析差异是基于测序克隆准确的基础上才有意义。
2楼2012-08-01 20:48:28
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刁寒冰

银虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by robert-RBT at 2012-08-01 20:48:28
不用那么麻烦,NCBI上就可以直接看出编码氨基酸的差异。分析差异是基于测序克隆准确的基础上才有意义。

在NCBI直接就可以比对编码氨基酸差异吗?我只会比对核酸blast,请问高人,怎么弄?
3楼2012-08-02 13:19:09
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bioyujun

木虫 (正式写手)



刁寒冰(金币+1): 谢谢参与
去下载个vector NTI软件,或者geneious,alingnment一下!!
4楼2012-08-02 15:27:32
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robert-RBT

木虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 刁寒冰 at 2012-08-02 13:19:09
在NCBI直接就可以比对编码氨基酸差异吗?我只会比对核酸blast,请问高人,怎么弄?...

用blastX看到的就是氨基酸差异
6楼2012-08-02 19:07:47
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jl860822

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
下载个软件分析一下就知道,什么DNAman,DNAStar啥的,都可以的
7楼2012-08-02 19:45:04
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steler_ly

铜虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
序列先要弄准确滴~
8楼2012-08-02 22:44:47
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jxm520zyc

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主是自己测序的吗?如果是公司测的话,应该是可以帮你分析的。其实,你也可以下载个软件,自己分析的,很简单~
9楼2012-08-03 14:31:53
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刁寒冰

银虫 (小有名气)


引用回帖:
9楼: Originally posted by jxm520zyc at 2012-08-03 14:31:53
楼主是自己测序的吗?如果是公司测的话,应该是可以帮你分析的。其实,你也可以下载个软件,自己分析的,很简单~

是公司给测得,我自己也分析了,就是还不太懂
10楼2012-08-04 10:22:19
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刁寒冰

银虫 (小有名气)


引用回帖:
6楼: Originally posted by robert-RBT at 2012-08-02 19:07:47
用blastX看到的就是氨基酸差异...

嗯,看到了 谢谢呵
11楼2012-08-04 10:39:20
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刁寒冰

银虫 (小有名气)


引用回帖:
5楼: Originally posted by ghs25372216 at 2012-08-02 16:37:37
大姐,你有空得好好补补生物信息学这部分知识了,估计你是想分析有没有氨基酸突变,没事多学习些生物软件吧,很多人都是一路摸黑走过来的,加油吧!

嗯 ,是要好好 多看书
12楼2012-08-04 10:49:40
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jxm520zyc

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by 刁寒冰 at 2012-08-04 10:22:19
是公司给测得,我自己也分析了,就是还不太懂
...

jiangxiaomingdeyx@163.com    我的邮箱,测序图发来我看看~
13楼2012-08-04 13:37:13
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博克多

新虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by ghs25372216 at 2012-08-02 16:37:37
大姐,你有空得好好补补生物信息学这部分知识了,估计你是想分析有没有氨基酸突变,没事多学习些生物软件吧,很多人都是一路摸黑走过来的,加油吧!

请赐教,我也是小白,还啥也不懂呢
14楼2016-08-23 14:27:41
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

15楼2016-08-23 21:46:52
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liuanna

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
1.有多少样本呢?是同一样本的重复测序结果都是一样的位点突变吗?还是同一物种不同样本?
2.可以检测一下是否为SNP位点,阅微基因提供SNP位点检测,可以咨询;
16楼2016-08-25 11:22:10
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