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刁寒冰

银虫 (小有名气)

[交流] 测序结果分析

各位虫友们：
    PCR产物测序后，然后所得序列跟NCBI序列对比，结果有几个位置碱基突变，我想分析突变位点，在怎么做呢？是不是把所得序列翻译成氨基酸，在对比不同位置的呢？
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robert-RBT

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1楼 2012-08-01 16:02:59
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回帖置顶 ( 共有3个 )

robert-RBT

木虫 (小有名气)
★
刁寒冰(金币+1): 谢谢参与
送鲜花一朵
不用那么麻烦，NCBI上就可以直接看出编码氨基酸的差异。分析差异是基于测序克隆准确的基础上才有意义。
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2楼2012-08-01 20:48:28
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by robert-RBT at 2012-08-01 20:48:28
不用那么麻烦，NCBI上就可以直接看出编码氨基酸的差异。分析差异是基于测序克隆准确的基础上才有意义。

在NCBI直接就可以比对编码氨基酸差异吗？我只会比对核酸blast，请问高人，怎么弄？
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3楼2012-08-02 13:19:09
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bioyujun

木虫 (正式写手)
★
刁寒冰(金币+1): 谢谢参与
去下载个vector NTI软件，或者geneious，alingnment一下！！
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4楼2012-08-02 15:27:32
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
5楼2012-08-02 16:37:37
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普通回帖

robert-RBT

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 刁寒冰 at 2012-08-02 13:19:09
在NCBI直接就可以比对编码氨基酸差异吗？我只会比对核酸blast，请问高人，怎么弄？...

用blastX看到的就是氨基酸差异
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6楼2012-08-02 19:07:47
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jl860822

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
下载个软件分析一下就知道，什么DNAman，DNAStar啥的，都可以的
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7楼2012-08-02 19:45:04
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steler_ly

铜虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
序列先要弄准确滴~
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8楼2012-08-02 22:44:47
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jxm520zyc

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主是自己测序的吗？如果是公司测的话，应该是可以帮你分析的。其实，你也可以下载个软件，自己分析的，很简单~
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9楼2012-08-03 14:31:53
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jxm520zyc at 2012-08-03 14:31:53
楼主是自己测序的吗？如果是公司测的话，应该是可以帮你分析的。其实，你也可以下载个软件，自己分析的，很简单~

是公司给测得，我自己也分析了，就是还不太懂
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10楼2012-08-04 10:22:19
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by robert-RBT at 2012-08-02 19:07:47
用blastX看到的就是氨基酸差异...

嗯，看到了 谢谢呵
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11楼2012-08-04 10:39:20
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ghs25372216 at 2012-08-02 16:37:37
大姐，你有空得好好补补生物信息学这部分知识了，估计你是想分析有没有氨基酸突变，没事多学习些生物软件吧，很多人都是一路摸黑走过来的，加油吧！

嗯 ，是要好好 多看书
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12楼2012-08-04 10:49:40
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jxm520zyc

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by 刁寒冰 at 2012-08-04 10:22:19
是公司给测得，我自己也分析了，就是还不太懂
...

jiangxiaomingdeyx@163.com    我的邮箱，测序图发来我看看~
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13楼2012-08-04 13:37:13
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博克多

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by ghs25372216 at 2012-08-02 16:37:37
大姐，你有空得好好补补生物信息学这部分知识了，估计你是想分析有没有氨基酸突变，没事多学习些生物软件吧，很多人都是一路摸黑走过来的，加油吧！

请赐教，我也是小白，还啥也不懂呢
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14楼2016-08-23 14:27:41
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
15楼2016-08-23 21:46:52
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liuanna

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
1.有多少样本呢？是同一样本的重复测序结果都是一样的位点突变吗？还是同一物种不同样本？
2.可以检测一下是否为SNP位点，阅微基因提供SNP位点检测，可以咨询；
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16楼2016-08-25 11:22:10
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