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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » RNA提取电泳图分析-请高手指点
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soffy0214

铜虫 (小有名气)

[求助] RNA提取电泳图分析-请高手指点

植物叶片中的RNA提取，一直有些降解，不知道什么原因。请高手帮分析一下。有一次提取的白色沉淀中有红色，不知道是什么原因。我用的电泳槽是别人做过DNA实验的，不知道对RNA有没有影响？下面分别是两次提的电泳图，大家能不能帮忙分析一下。

六月三号提的



六月二十七号



[ Last edited by soffy0214 on 2012-6-27 at 14:32 ]
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1楼2012-06-27 14:12:18
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

dingxiuying

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流经验，积极应助 2012-06-28 15:42:27
soffy0214: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2012-07-01 14:31:31
1、个人感觉6.27提取的RNA基本还可以，应该可以用于后续试验。
2、RNA电泳槽最好专用。否则影响对结果的判断。
3、提取时第一次吸取上清液的时候千万不要吸上中间层。沉淀中的红色可能是中间层的杂质。
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我喜欢默默地被你注视默默地注视着你，我喜欢深深地被你爱着深深地爱着你
2楼2012-06-27 16:27:43
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普通回帖

litingwen

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-28 15:42:38
这种图我也有过，听师兄说这是因为带有了蛋白等其它杂质导致RNA降解，操作过程最好在超净台上完成。
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3楼2012-06-27 16:41:05
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necilyx

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 热心的虫虫 2012-06-28 15:42:59
两次来看，第一次的28s和18s条带中28s有降解（高质量的RNA应该是28s与18s亮度比至少为1），5.8s很暗很正常总体来说浓度不是高，第二次提的18s明显有降解，可能是有蛋白质污染或者电泳槽不干净或者提RNA时最后乙醇凉干不够充分，测纯度了吗？260/280多少？RNA电泳最好还是单独拿个电泳槽跑的好~容易降解~
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聪明才智要为意外做准备~~
4楼2012-06-27 16:59:55
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soffy0214

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by necilyx at 2012-06-27 16:59:55
两次来看，第一次的28s和18s条带中28s有降解（高质量的RNA应该是28s与18s亮度比至少为1），5.8s很暗很正常总体来说浓度不是高，第二次提的18s明显有降解，可能是有蛋白质污染或者电泳槽不干净或者提RNA时最后乙醇凉 ...

非常感谢！我没有测纯度，明天去测测看。电泳槽做过DNA实验，我用3%的双氧水泡了一夜。RNA乙醇干燥的确不彻底，我放在真空干燥器中十分钟，拿出来还看得到水分残留。
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5楼2012-06-27 20:23:36
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soffy0214

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by litingwen at 2012-06-27 16:41:05
这种图我也有过，听师兄说这是因为带有了蛋白等其它杂质导致RNA降解，操作过程最好在超净台上完成。

谢谢！我是用Trizol试剂提的植物叶片。怎样才能防止污染呢？我是在普通实验台上操作的。
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6楼2012-06-27 20:26:39
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soffy0214

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dingxiuying at 2012-06-27 16:27:43
1、个人感觉6.27提取的RNA基本还可以，应该可以用于后续试验。
2、RNA电泳槽最好专用。否则影响对结果的判断。
3、提取时第一次吸取上清液的时候千万不要吸上中间层。沉淀中的红色可能是中间层的杂质。

谢谢你的解析！我是要做反转录的，后面还有消减杂交，这样的就可以了吗？估计是吸到了中间层。但是中间层好像不太明显，不好分辨。
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7楼2012-06-27 20:29:26
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我是小纯洁

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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1949stone: 金币+2, 赞一个 2012-06-29 09:44:37
第二次提取的十分好啊！在跑跑条带就能跑开了 18s下面应该有3条带。从上到下依次为28s，18s，3条未知条带，5s，如果提取的好的话 28s的上方还会有一条前体rna
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8楼2012-06-28 22:37:38
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soffy0214

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 我是小纯洁 at 2012-06-28 22:37:38
第二次提取的十分好啊！在跑跑条带就能跑开了 18s下面应该有3条带。从上到下依次为28s，18s，3条未知条带，5s，如果提取的好的话 28s的上方还会有一条前体rna

那三条未知条带是什么杂质啊？用Trizol试剂提植物叶片中的RNA，怎样才能减少杂质污染？
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9楼2012-06-29 07:28:10
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longrna

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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1949stone: 金币+2, 同意 2012-06-29 09:44:51
植物经常会遇到多带（>3条）的情况。
你的电泳跑的不是很好看，不知是配胶问题还是其他问题，那些条带有点模糊，不成锋利的带状。建议点个DL2000的DNA marker。
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伟大航线....
10楼2012-06-29 09:11:09
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