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gromacs运行错误求解决方案
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我用的是gromacs的martini立场，在做模拟的时候，出现下列的错误，------------------------------------------------------- Program mdrun_mpi, VERSION 4.0.7 Source code file: domdec_top.c, line: 341 Fatal error: 1 of the 16753 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.4 nm) or the two-body cut-off distance (1.4 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck ------------------------------------------------------- 我mdrun时是加入参数-rdd 1.4的，当我将分子top文件中的二面角信息删去时可以运行，但加上二面角信息后就出现上述错误，不知道是为什么，我试过editconf时将盒子加大可是不行，不知道为什么，求大家指点。谢谢大家！ |
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