| 查看: 948 | 回复: 2 | |||
[求助]
gromacs运行错误求解决方案
|
|
我用的是gromacs的martini立场，在做模拟的时候，出现下列的错误，------------------------------------------------------- Program mdrun_mpi, VERSION 4.0.7 Source code file: domdec_top.c, line: 341 Fatal error: 1 of the 16753 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.4 nm) or the two-body cut-off distance (1.4 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck ------------------------------------------------------- 我mdrun时是加入参数-rdd 1.4的，当我将分子top文件中的二面角信息删去时可以运行，但加上二面角信息后就出现上述错误，不知道是为什么，我试过editconf时将盒子加大可是不行，不知道为什么，求大家指点。谢谢大家！ |
回复此楼» 猜你喜欢
计算机、0854电子信息（085401-058412）调剂
已经有5人回复
-
国自然申请面上模板最新2026版出了吗？
已经有13人回复
-
基金委咋了？2026年的指南还没有出来？
已经有3人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有5人回复
-
溴的反应液脱色
已经有7人回复
-
推荐一本书
已经有12人回复
-
基金申报
已经有4人回复
-
纳米粒子粒径的测量
已经有7人回复
-
常年博士招收(双一流，工科)
已经有4人回复
-
有没有人能给点建议
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs运行问题
已经有9人回复
- GROMACS运行出错了，求助中
已经有15人回复
- autodock与gromacs在Windows下的安装
已经有10人回复
- GROMACS运行完后的结果分析
已经有4人回复
- 这个错误警告怎么回事啊？不能运行了
已经有5人回复
- 关于Runtime问题。
已经有6人回复
- 在WIN7下运行jade5.0错误解决方法
已经有114人回复
- gromacs4.5.5安装问题
已经有5人回复
- gromacs编译安装
已经有11人回复
- 【心得】Jade 6.5 win7运行错误的解决方法
已经有28人回复
- gromacs安装出错求助
已经有4人回复
- Gromacs动力学运行出错
已经有4人回复
- 关于ms运行出现的错误，求大神指点
已经有8人回复
- GROMACS安装时总是出现configure: error: Unknown FFT library，请问是什么原因
已经有9人回复
- 请教GROMACS安装
已经有8人回复
- gromacs运行出错，求方案，谢谢！！！
已经有6人回复
- 在gromacs中运行mdrun命令时出错
已经有10人回复
- gromacs运行出错
已经有3人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】此程序没有错误，怎么运行不出来？
已经有6人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【求助】Gromacs 教程上speptide 运行不了
已经有7人回复
- 【求助】gaussian运行出现l103错误
已经有8人回复
- 【求助】NAMD安装问题
已经有19人回复
2楼2016-05-27 20:25:10
3楼2016-06-03 17:17:53