应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » NEB 结果分析
131/2返回列表12下一页
查看: 1817  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

egogg

木虫 (小有名气)

[求助] NEB 结果分析

过渡态方面我是一个新手，求教一下NEB的结果如何分析：
CI-NEB的脚本给出了如下的反应路径，该如何分析？

反应过程的动画跟我想象的差不多，还需要做些什么工作？
非常感谢！

[ Last edited by egogg on 2012-5-15 at 15:15 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-05-15 15:11:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

egogg

木虫 (小有名气)
自己顶一个。
回复此楼
2楼2012-05-15 15:50:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiongb123456

铜虫 (小有名气)
帮你顶一个 我也想知道！！
LZ知道了 告诉下我呗 谢谢
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-15 17:04:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

egogg

木虫 (小有名气)
来个有经验的人啊，自己再顶顶。
赞一下 回复此楼
4楼2012-05-16 12:58:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
liliangfang: 金币+1, 谢谢指教 2012-05-20 08:41:07
egogg: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-05-20 11:49:29
这个告诉你03下的结构可能是TS，可以对这个结构做一下频率计算，已确认是否真的是TS，如果是，你可以求出能垒（00与03能量差）以及这个过程的能量变化（00与07能量差）。另外，TS结构更像00，说是前过渡态的话，有点勉强。
如果你做的图是正确的话！
其它似乎没什么要说的了
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-19 21:28:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

egogg

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hakuna at 2012-05-19 21:28:16:
这个告诉你03下的结构可能是TS，可以对这个结构做一下频率计算，已确认是否真的是TS，如果是，你可以求出能垒（00与03能量差）以及这个过程的能量变化（00与07能量差）。另外，TS结构更像00，说是前过渡态的话，有 ...

明白了，非常感谢。

也就是说需要进行一次频率验证就行了。

但是能不能指点一下，为什么说03的结构是过渡态，这个图显示的不是04为最高峰么？还有就是如果00有些像前过渡态的话，我能不能从01或02开始重新作NEB计算？因为就像您说的那样，从反应的动画来看，00和后面的差很远（相关性很差，我取初始态的时候取得离我想研究的反应路径远有些远了）。

还有就是做频率验证用vasp自带的算算Gamma点就行，还是用vstool的官方网站上介绍的Dynamical Matrix方法比较好一点，非常感谢！
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-20 11:48:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cavediger

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
贺仪: 金币+3, 谢谢指教！ 2012-05-21 08:17:12
引用回帖:
6楼: Originally posted by egogg at 2012-05-20 11:48:50:
明白了，非常感谢。

也就是说需要进行一次频率验证就行了。

但是能不能指点一下，为什么说03的结构是过渡态，这个图显示的不是04为最高峰么？还有就是如果00有些像前过渡态的话，我能不能从01或02开始重新 ...

1.但是能不能指点一下，为什么说03的结构是过渡态，这个图显示的不是04为最高峰么？
我以为你的第一个点是00，如果不是，就按你的次序后推，总之，能量最高者可能是TS
2.还有就是如果00有些像前过渡态的话，我能不能从01或02开始重新作NEB计算？
00里是反应物，不会像过渡态吧。找TS是在反应物和产物间搜索的，一般用CNEB在中间插若干点，找TS命中率还是蛮高的。也有人采用逐步逼近的办法，譬如每次插入3个点，待NEB收敛后，根据情况，将两个端点向内收缩，减小TS所在的区间，反复多次，当有TS区间收缩到足够小时，认为得到了TS，不过，这样做显得比较麻烦，用的人很少。
3.将IBRION=5直接做频率计算，具体细节在参考一下手册吧
赞一下 回复此楼
我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
7楼2012-05-20 18:30:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

egogg

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cavediger at 2012-05-20 18:30:08:
1.但是能不能指点一下，为什么说03的结构是过渡态，这个图显示的不是04为最高峰么？
我以为你的第一个点是00，如果不是，就按你的次序后推，总之，能量最高者可能是TS
2.还有就是如果00有些像前过渡态的话，我 ...

谢谢，明白了。
回复此楼
8楼2012-05-20 19:46:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wenyan0517

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hakuna at 2012-05-19 21:28:16:
这个告诉你03下的结构可能是TS，可以对这个结构做一下频率计算，已确认是否真的是TS，如果是，你可以求出能垒（00与03能量差）以及这个过程的能量变化（00与07能量差）。另外，TS结构更像00，说是前过渡态的话，有 ...

想请教一下，NEB计算时，电子步收敛时一直在震荡，一正一负交替，有什么好办法解决吗？
赞一下 回复此楼
9楼2012-05-21 09:50:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cavediger

金虫 (正式写手)
★
贺仪: 金币+1, 谢谢指教！ 2012-05-21 10:57:26
引用回帖:
9楼: Originally posted by wenyan0517 at 2012-05-21 09:50:39:
想请教一下，NEB计算时，电子步收敛时一直在震荡，一正一负交替，有什么好办法解决吗？

这个还真没遇到过，有两点可以考虑一下：
1.更换电子步的优化方法
2.调整一下电荷密度的混合方法
仅供参考
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

wenyan0517
我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
10楼2012-05-21 10:38:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 egogg 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +31 医学老男孩 2026-08-13 68/3400 2026-08-15 23:19 by 医学老男孩
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] filecode +8 cratir 2026-08-14 12/600 2026-08-15 18:08 by zyfgau
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[基金申请] FileCode能看出啥？ +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭