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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » NEB 结果分析
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egogg

木虫 (小有名气)

[求助] NEB 结果分析

过渡态方面我是一个新手，求教一下NEB的结果如何分析：
CI-NEB的脚本给出了如下的反应路径，该如何分析？

反应过程的动画跟我想象的差不多，还需要做些什么工作？
非常感谢！

[ Last edited by egogg on 2012-5-15 at 15:15 ]
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1楼 2012-05-15 15:11:53
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egogg

木虫 (小有名气)
自己顶一个。
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2楼2012-05-15 15:50:11
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xiongb123456

铜虫 (小有名气)
帮你顶一个 我也想知道！！
LZ知道了 告诉下我呗 谢谢
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3楼2012-05-15 17:04:36
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egogg

木虫 (小有名气)
来个有经验的人啊，自己再顶顶。
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4楼2012-05-16 12:58:35
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hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
liliangfang: 金币+1, 谢谢指教 2012-05-20 08:41:07
egogg: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-05-20 11:49:29
这个告诉你03下的结构可能是TS，可以对这个结构做一下频率计算，已确认是否真的是TS，如果是，你可以求出能垒（00与03能量差）以及这个过程的能量变化（00与07能量差）。另外，TS结构更像00，说是前过渡态的话，有点勉强。
如果你做的图是正确的话！
其它似乎没什么要说的了
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5楼2012-05-19 21:28:16
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egogg

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hakuna at 2012-05-19 21:28:16:
这个告诉你03下的结构可能是TS，可以对这个结构做一下频率计算，已确认是否真的是TS，如果是，你可以求出能垒（00与03能量差）以及这个过程的能量变化（00与07能量差）。另外，TS结构更像00，说是前过渡态的话，有 ...

明白了，非常感谢。

也就是说需要进行一次频率验证就行了。

但是能不能指点一下，为什么说03的结构是过渡态，这个图显示的不是04为最高峰么？还有就是如果00有些像前过渡态的话，我能不能从01或02开始重新作NEB计算？因为就像您说的那样，从反应的动画来看，00和后面的差很远（相关性很差，我取初始态的时候取得离我想研究的反应路径远有些远了）。

还有就是做频率验证用vasp自带的算算Gamma点就行，还是用vstool的官方网站上介绍的Dynamical Matrix方法比较好一点，非常感谢！
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6楼2012-05-20 11:48:50
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cavediger

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
贺仪: 金币+3, 谢谢指教！ 2012-05-21 08:17:12
引用回帖:
6楼: Originally posted by egogg at 2012-05-20 11:48:50:
明白了，非常感谢。

也就是说需要进行一次频率验证就行了。

但是能不能指点一下，为什么说03的结构是过渡态，这个图显示的不是04为最高峰么？还有就是如果00有些像前过渡态的话，我能不能从01或02开始重新 ...

1.但是能不能指点一下，为什么说03的结构是过渡态，这个图显示的不是04为最高峰么？
我以为你的第一个点是00，如果不是，就按你的次序后推，总之，能量最高者可能是TS
2.还有就是如果00有些像前过渡态的话，我能不能从01或02开始重新作NEB计算？
00里是反应物，不会像过渡态吧。找TS是在反应物和产物间搜索的，一般用CNEB在中间插若干点，找TS命中率还是蛮高的。也有人采用逐步逼近的办法，譬如每次插入3个点，待NEB收敛后，根据情况，将两个端点向内收缩，减小TS所在的区间，反复多次，当有TS区间收缩到足够小时，认为得到了TS，不过，这样做显得比较麻烦，用的人很少。
3.将IBRION=5直接做频率计算，具体细节在参考一下手册吧
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
7楼2012-05-20 18:30:08
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egogg

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cavediger at 2012-05-20 18:30:08:
1.但是能不能指点一下，为什么说03的结构是过渡态，这个图显示的不是04为最高峰么？
我以为你的第一个点是00，如果不是，就按你的次序后推，总之，能量最高者可能是TS
2.还有就是如果00有些像前过渡态的话，我 ...

谢谢，明白了。
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8楼2012-05-20 19:46:58
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wenyan0517

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hakuna at 2012-05-19 21:28:16:
这个告诉你03下的结构可能是TS，可以对这个结构做一下频率计算，已确认是否真的是TS，如果是，你可以求出能垒（00与03能量差）以及这个过程的能量变化（00与07能量差）。另外，TS结构更像00，说是前过渡态的话，有 ...

想请教一下，NEB计算时，电子步收敛时一直在震荡，一正一负交替，有什么好办法解决吗？
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9楼2012-05-21 09:50:39
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cavediger

金虫 (正式写手)
★
贺仪: 金币+1, 谢谢指教！ 2012-05-21 10:57:26
引用回帖:
9楼: Originally posted by wenyan0517 at 2012-05-21 09:50:39:
想请教一下，NEB计算时，电子步收敛时一直在震荡，一正一负交替，有什么好办法解决吗？

这个还真没遇到过，有两点可以考虑一下：
1.更换电子步的优化方法
2.调整一下电荷密度的混合方法
仅供参考
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wenyan0517
我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
10楼2012-05-21 10:38:13
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