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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zsl_321123

铁虫 (正式写手)

[交流] 【求助】dmol中算NEB之后出来的图形，如何分析。 已有4人参与

途中“星号”代表的energy minimum什么意思是中间体吗，如果不是，又代表什么意思呢？

有反应物，过渡态，产物怎样判断是否存在中间物呢？
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1楼 2011-03-16 21:40:42
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bingmou

金虫 (著名写手)
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zzy870720z(金币+1): 谢谢交流 2011-03-17 08:18:02
中间产物应该会有类似两个驼峰的情况吧
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2楼2011-03-16 22:10:17
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cenwanglai

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zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-03-17 08:23:21
局部能量最小，如果计算正确，结果收敛，那就是中间态。
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3楼2011-03-17 08:21:24
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zsl_321123

铁虫 (正式写手)
结果收敛了，计算成功，但是我怎么看不是中间体呢。
请问中间体用NEB能搜索出来吗？
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4楼2011-03-17 08:24:40
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cenwanglai

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zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-03-17 09:42:28
引用回帖:
Originally posted by zsl_321123 at 2011-03-17 08:24:40:
结果收敛了，计算成功，但是我怎么看不是中间体呢。
请问中间体用NEB能搜索出来吗？

你是怎么看出不是中间体的呢？有一种情况是初始结构没有优化好，导致紧接着的一两个个image出现能量局部最小。你可以在你找到的中间体基础上做结构优化，看最终结构和能量是是不是与初态吻合。
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5楼2011-03-17 08:27:46
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zsl_321123

铁虫 (正式写手)
我其实认为是初始结构没有优化好。

但是我计算的时候是用的高精度优化的结构，而且收敛，也没虚频。然后TS search这一步也成功了，然后我有做NEB，也就是上面的图形了。

其实我认为上面的第二个小星号代表的也是初始构型，但是也有可能认为是中间体的说法，这也是我不能区分中间体的原因。
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6楼2011-03-17 08:36:40
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zsl_321123

铁虫 (正式写手)
“但是我计算的时候是用的高精度优化的结构，而且收敛，也没虚频。”这个我指的是反应物和产物的优化。
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7楼2011-03-17 08:37:26
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lywiailyw

木虫 (小有名气)
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引用回帖:
708085楼: Originally posted by zsl_321123 at 2011-03-17 08:36:40
我其实认为是初始结构没有优化好。

但是我计算的时候是用的高精度优化的结构，而且收敛，也没虚频。然后TS search这一步也成功了，然后我有做NEB，也就是上面的图形了。

其实我认为上面的第二个小星号代表的也 ...

这个坑太小，很可能就是初始结构。很可能是TS confirmation的精度不够导致的。你可以把xtd文件中的这个结构提取出来做一个geometry optimization看一看。
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8楼2012-11-20 19:50:21
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