应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】dmol中算NEB之后出来的图形，如何分析。
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 1274  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zsl_321123

铁虫 (正式写手)

[交流] 【求助】dmol中算NEB之后出来的图形，如何分析。 已有4人参与

途中“星号”代表的energy minimum什么意思是中间体吗，如果不是，又代表什么意思呢？

有反应物，过渡态，产物怎样判断是否存在中间物呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MS第一性原理

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
宁愿骑着自行车笑，不愿坐着宝马哭。。。。。
1楼 2011-03-16 21:40:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bingmou

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1): 谢谢交流 2011-03-17 08:18:02
中间产物应该会有类似两个驼峰的情况吧
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-03-16 22:10:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-03-17 08:23:21
局部能量最小，如果计算正确，结果收敛，那就是中间态。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-03-17 08:21:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zsl_321123

铁虫 (正式写手)
结果收敛了，计算成功，但是我怎么看不是中间体呢。
请问中间体用NEB能搜索出来吗？
赞一下 回复此楼
宁愿骑着自行车笑，不愿坐着宝马哭。。。。。
4楼2011-03-17 08:24:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-03-17 09:42:28
引用回帖:
Originally posted by zsl_321123 at 2011-03-17 08:24:40:
结果收敛了，计算成功，但是我怎么看不是中间体呢。
请问中间体用NEB能搜索出来吗？

你是怎么看出不是中间体的呢？有一种情况是初始结构没有优化好，导致紧接着的一两个个image出现能量局部最小。你可以在你找到的中间体基础上做结构优化，看最终结构和能量是是不是与初态吻合。
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2011-03-17 08:27:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zsl_321123

铁虫 (正式写手)
我其实认为是初始结构没有优化好。

但是我计算的时候是用的高精度优化的结构，而且收敛，也没虚频。然后TS search这一步也成功了，然后我有做NEB，也就是上面的图形了。

其实我认为上面的第二个小星号代表的也是初始构型，但是也有可能认为是中间体的说法，这也是我不能区分中间体的原因。
赞一下 回复此楼
宁愿骑着自行车笑，不愿坐着宝马哭。。。。。
6楼2011-03-17 08:36:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zsl_321123

铁虫 (正式写手)
“但是我计算的时候是用的高精度优化的结构，而且收敛，也没虚频。”这个我指的是反应物和产物的优化。
赞一下 回复此楼
宁愿骑着自行车笑，不愿坐着宝马哭。。。。。
7楼2011-03-17 08:37:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lywiailyw

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
708085楼: Originally posted by zsl_321123 at 2011-03-17 08:36:40
我其实认为是初始结构没有优化好。

但是我计算的时候是用的高精度优化的结构，而且收敛，也没虚频。然后TS search这一步也成功了，然后我有做NEB，也就是上面的图形了。

其实我认为上面的第二个小星号代表的也 ...

这个坑太小，很可能就是初始结构。很可能是TS confirmation的精度不够导致的。你可以把xtd文件中的这个结构提取出来做一个geometry optimization看一看。
赞一下 回复此楼
8楼2012-11-20 19:50:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zsl_321123 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085601 329分调剂 +5 yzsa12 2026-03-31 5/250 2026-03-31 14:48 by 记事本2026
[考研] 化学工程085602 305分求调剂 +28 RichLi_ 2026-03-25 35/1750 2026-03-31 14:42 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +6 akdhjs 2026-03-31 7/350 2026-03-31 14:39 by yaochuang
[考研] 354求调剂 +3 lxb598 2026-03-31 4/200 2026-03-31 13:42 by sophie2180
[考研] 288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工 +9 洛神哥哥 2026-03-31 9/450 2026-03-31 13:23 by Dyhoer
[考研] 334求调剂 +7 Trying] 2026-03-31 7/350 2026-03-31 12:33 by 无际的草原
[考研] 一志愿中国科学院大学265求调剂 +6 恬淡ye 2026-03-31 7/350 2026-03-31 11:28 by 恬淡ye
[考研] 调剂求院校招收 +7 鹤鲸鸽 2026-03-28 7/350 2026-03-31 11:21 by oooqiao
[考研] 08工科，295，接受跨专业调剂 +6 lmnlzy 2026-03-30 6/300 2026-03-31 10:04 by cal0306
[考研] 抱歉 +4 田洪有 2026-03-30 4/200 2026-03-30 21:26 by mumin1990
[考研] 303求调剂 +7 DLkz1314. 2026-03-30 7/350 2026-03-30 21:07 by peike
[考研] 调剂 +4 GK72 2026-03-30 4/200 2026-03-30 20:32 by dick_runner
[考研] 材料科学与工程 317求调剂 +7 JKSOIID 2026-03-26 7/350 2026-03-30 20:10 by 滴滴上岸呀
[考研] 309求调剂 +15 谁不是少年 2026-03-29 15/750 2026-03-30 19:28 by 2026材料调剂
[考研] 289求调剂 +16 新时代材料 2026-03-27 16/800 2026-03-30 19:04 by Wang200018
[考研] 求调剂 +10 家佳佳佳佳佳 2026-03-29 10/500 2026-03-30 18:34 by 544594351
[考研] 315调剂 +4 0860求调剂 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:23 by wangjy2002
[考研] 考研调剂 +9 小蜡新笔 2026-03-26 9/450 2026-03-27 11:10 by 不吃魚的貓
[考研] 286求调剂 +4 lim0922 2026-03-26 4/200 2026-03-27 10:28 by guoweigw
[考研] 300分，材料，求调剂，英一数二 +5 超赞的 2026-03-24 5/250 2026-03-24 21:07 by 星空星月
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭