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NEB 结果分析
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]
NEB 结果分析
过渡态方面我是一个新手,求教一下NEB的结果如何分析:
CI-NEB的脚本给出了如下的反应路径,该如何分析?
反应过程的动画跟我想象的差不多,还需要做些什么工作?
非常感谢!
[
Last edited by egogg on 2012-5-15 at 15:15
]
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1楼
2012-05-15 15:11:53
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专业: 电化学
帮你顶一个 我也想知道!!
LZ知道了 告诉下我呗 谢谢
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3楼
2012-05-15 17:04:36
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专业: 生物信息学
来个有经验的人啊,自己再顶顶。
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4楼
2012-05-16 12:58:35
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【答案】应助回帖
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liliangfang: 金币+1, 谢谢指教
2012-05-20 08:41:07
egogg: 金币+10,
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最佳答案
2012-05-20 11:49:29
这个告诉你03下的结构可能是TS,可以对这个结构做一下频率计算,已确认是否真的是TS,如果是,你可以求出能垒(00与03能量差)以及这个过程的能量变化(00与07能量差)。另外,TS结构更像00,说是前过渡态的话,有点勉强。
如果你做的图是正确的话!
其它似乎没什么要说的了
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5楼
2012-05-19 21:28:16
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专业: 生物信息学
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5楼
:
Originally posted by
hakuna
at 2012-05-19 21:28:16:
这个告诉你03下的结构可能是TS,可以对这个结构做一下频率计算,已确认是否真的是TS,如果是,你可以求出能垒(00与03能量差)以及这个过程的能量变化(00与07能量差)。另外,TS结构更像00,说是前过渡态的话,有 ...
明白了,非常感谢。
也就是说需要进行一次频率验证就行了。
但是能不能指点一下,为什么说03的结构是过渡态,这个图显示的不是04为最高峰么?还有就是如果00有些像前过渡态的话,我能不能从01或02开始重新作NEB计算?因为就像您说的那样,从反应的动画来看,00和后面的差很远(相关性很差,我取初始态的时候取得离我想研究的反应路径远有些远了)。
还有就是做频率验证用vasp自带的算算Gamma点就行,还是用vstool的官方网站上介绍的Dynamical Matrix方法比较好一点,非常感谢!
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6楼
2012-05-20 11:48:50
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