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XUMIN6891

金虫 (初入文坛)

[求助] 求助重叠延伸pcr

各位大侠你们好!我最近在做重叠延伸pcr,我现在遇见几个问题想要咨询一下,我要扩增片段的大小是169bp左右,我设计了4条引物,其中P1和P2引物重叠15bp,P3和P4重叠13bp,P2和P3重叠17bp,然后我采用的是P1,P2引物扩增出A片段,P3,P4扩增出B片段,然后分别回收A,B两个片段,再以A和B即为模板又为引物去扩增出目的片段,但是我现在扩增A和B时,老出现有时候扩出来了,有时候就又没了不稳定,还有又一次我分被回收了A和B片段,但是在扩增目的片段时摸索好多条件还是扩不出来,我用的是降落PCR扩片段,哪位高手知道请指点一下呗!不甚感激!
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yyy_zzz

木虫 (小有名气)

★ ★
西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-17 08:28:58
引用回帖:
3楼: Originally posted by XUMIN6891 at 2012-05-14 20:26:54:
是的,你理解的是正确的,我现在A,B片段一直出现扩增不稳定的现象,按你说的意思有可能我把引物而具体当成目的片段了,是吧,我需要进行进一步验证,对吗?

貌似我说的也不太确切,可能不叫二聚体吧。。。。。。我的意思是,AB片段都很小,多余的引物啊什么的会自己形成一些乱七八糟的东西,不仔细看你会以为是你的目的条带,所以你要仔细分离,确定得到是A片段和B片段,然后将AB重叠,把P1和P4引物加上,再做扩增。
4楼2012-05-14 20:39:16
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yyy_zzz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+3, 鼓励应助 2012-05-14 18:50:54
我试着理解了你说的,应该是你现在没有扩增片段的模板,你想用四个片段重叠起来,最后得到169bp的片段,以引物和PCR替代基因合成,不知道我理解的是否正确?如果是这样的话,AB应该能扩出来,扩不出来可以增加引物的含量,还有你还需要仔细分辨一下,是引物二聚体还是A、B片段。等你AB进行重叠了之后,把P1和P4引物加上,再做扩增,最后看看有没有169bp的条带。祝你好运。
2楼2012-05-14 17:22:17
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XUMIN6891

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yyy_zzz at 2012-05-14 17:22:17:
我试着理解了你说的,应该是你现在没有扩增片段的模板,你想用四个片段重叠起来,最后得到169bp的片段,以引物和PCR替代基因合成,不知道我理解的是否正确?如果是这样的话,AB应该能扩出来,扩不出来可以增加引物 ...

是的,你理解的是正确的,我现在A,B片段一直出现扩增不稳定的现象,按你说的意思有可能我把引物而具体当成目的片段了,是吧,我需要进行进一步验证,对吗?
3楼2012-05-14 20:26:54
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叶倾意

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-05-16 08:17:32
[1]首先,你出现这种情况可能是因为你重叠的片段有些短,一般OVERLAP最好大约18bp,我们实验室有个师弟曾经用11个overlap 拼接目的基因,他重叠的区域一般都是20左右。
[2]你设计的A,B片段是不是大小差不多,因为OVERLAP有个很奇怪的现象,拼接的两段最好大小一致,这样在解链和退火的时候会比较一致,不会造成奇奇怪怪的突变错配什么的
[3]你用的是高保真酶么?最好用高保真酶。。。
自知者智 自胜者勇 自暴者弃 自强者成
5楼2012-05-15 19:54:59
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