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wushuwei1104

银虫 (小有名气)

[求助] 最近做RACE,求助!!

最近在做3‘RACE,这是我用Outer primer 做PCR后的胶图,发现用Outer primer 做PCR后的胶图是这个样子的,有类似涂抹状的拖带!  后来又做的 Inner pCR  胶图如下图,请求各位RACE高手,看看这样是什么情况?能不能切胶回收?  感觉INNER PCR后条带应该很大的!!
  谢谢各位大侠了!!!

outer PCR后的条带----



Inner PCR后的胶图
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勤能补拙
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xuzhu598

铁虫 (小有名气)


西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-12 23:00:17
楼主的情况和我一样唉!我用Outer primer没有扩出目的条带,用inner primer扩出了!我感觉你的可以切胶回收。
2楼2012-05-10 16:11:55
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wushuwei1104

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xuzhu598 at 2012-05-10 16:11:55:
楼主的情况和我一样唉!我用Outer primer没有扩出目的条带,用inner primer扩出了!我感觉你的可以切胶回收。

我师兄说,条带比较小,不象3‘端的,像是非特异扩增。他说3’端至少得1000多bp!
勤能补拙
3楼2012-05-10 18:45:47
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xuzhu598

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-12 23:00:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by wushuwei1104 at 2012-05-10 18:45:47:
我师兄说,条带比较小,不象3‘端的,像是非特异扩增。他说3’端至少得1000多bp!

额?3‘至少得1000多bp表示不理解啊,也有很短的啊!试剂盒里面的也有扩出850bp的样本啊!
4楼2012-05-12 09:50:47
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wushuwei1104

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xuzhu598 at 2012-05-12 09:50:47:
额?3‘至少得1000多bp表示不理解啊,也有很短的啊!试剂盒里面的也有扩出850bp的样本啊!

我的要扩增的基因做过同源比对,比对显示后面至少还有1000bp的同源区域呀!!我也想是只有400多bp呀!!
勤能补拙
5楼2012-05-12 10:38:10
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XOooZzz

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wushuwei1104 at 2012-05-12 10:38:10:
我的要扩增的基因做过同源比对,比对显示后面至少还有1000bp的同源区域呀!!我也想是只有400多bp呀!!

同学你还没有送去测序呀....感觉都快过了一个星期了...
6楼2012-05-12 19:39:13
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friya0910

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-17 14:35:16
inner出来有带的,不管大小对不对,应该切胶测序一下,再说你的大小也是自己预测的对吧,反正现在测序也花不了多少钱,万一就是你要的序列呢!
7楼2012-05-17 10:18:28
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xiaofeixiayang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我觉得是引物没设计好,楼主最好重新设计3RACE inner引物。
8楼2012-05-17 15:40:26
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dayulee

木虫 (正式写手)

愚木虫

【答案】应助回帖


wushuwei1104: 金币+1 2012-05-20 22:14:10
3端扩增出1000bp的说法是不科学的。大小与你的目的基因和引物离polyA尾巴的距离相关的。我的也做过3RACE,扩出来400bp,5扩出来2000bp,这才是对的。另外你的引物是巢氏引物,条带应该比较特异才对。
好好学习,天天向上
9楼2012-05-20 21:45:39
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