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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 最近做RACE，求助！！
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wushuwei1104

银虫 (小有名气)

[求助] 最近做RACE，求助！！

最近在做3‘RACE，这是我用Outer primer 做PCR后的胶图，发现用Outer primer 做PCR后的胶图是这个样子的，有类似涂抹状的拖带！  后来又做的 Inner pCR  胶图如下图，请求各位RACE高手，看看这样是什么情况？能不能切胶回收？  感觉INNER PCR后条带应该很大的！！
  谢谢各位大侠了！！！

outer PCR后的条带----



Inner PCR后的胶图
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勤能补拙
1楼 2012-05-07 18:28:32
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xuzhu598

铁虫 (小有名气)
★
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-12 23:00:17
楼主的情况和我一样唉！我用Outer primer没有扩出目的条带，用inner primer扩出了！我感觉你的可以切胶回收。
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2楼2012-05-10 16:11:55
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wushuwei1104

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xuzhu598 at 2012-05-10 16:11:55:
楼主的情况和我一样唉！我用Outer primer没有扩出目的条带，用inner primer扩出了！我感觉你的可以切胶回收。

我师兄说，条带比较小，不象3‘端的，像是非特异扩增。他说3’端至少得1000多bp！
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勤能补拙
3楼2012-05-10 18:45:47
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xuzhu598

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-12 23:00:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by wushuwei1104 at 2012-05-10 18:45:47:
我师兄说，条带比较小，不象3‘端的，像是非特异扩增。他说3’端至少得1000多bp！

额？3‘至少得1000多bp表示不理解啊，也有很短的啊！试剂盒里面的也有扩出850bp的样本啊！
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4楼2012-05-12 09:50:47
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wushuwei1104

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xuzhu598 at 2012-05-12 09:50:47:
额？3‘至少得1000多bp表示不理解啊，也有很短的啊！试剂盒里面的也有扩出850bp的样本啊！

我的要扩增的基因做过同源比对，比对显示后面至少还有1000bp的同源区域呀！！我也想是只有400多bp呀！！
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勤能补拙
5楼2012-05-12 10:38:10
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XOooZzz

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wushuwei1104 at 2012-05-12 10:38:10:
我的要扩增的基因做过同源比对，比对显示后面至少还有1000bp的同源区域呀！！我也想是只有400多bp呀！！

同学你还没有送去测序呀....感觉都快过了一个星期了...
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6楼2012-05-12 19:39:13
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friya0910

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-17 14:35:16
inner出来有带的，不管大小对不对，应该切胶测序一下，再说你的大小也是自己预测的对吧，反正现在测序也花不了多少钱，万一就是你要的序列呢！
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7楼2012-05-17 10:18:28
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xiaofeixiayang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我觉得是引物没设计好，楼主最好重新设计3RACE inner引物。
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8楼2012-05-17 15:40:26
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dayulee

木虫 (正式写手)

愚木虫

【答案】应助回帖

★
wushuwei1104: 金币+1 2012-05-20 22:14:10
3端扩增出1000bp的说法是不科学的。大小与你的目的基因和引物离polyA尾巴的距离相关的。我的也做过3RACE，扩出来400bp，5扩出来2000bp，这才是对的。另外你的引物是巢氏引物，条带应该比较特异才对。
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好好学习，天天向上
9楼2012-05-20 21:45:39
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