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thestormcong银虫 (小有名气)
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[求助]
red基因敲除
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大家好，最近做red基因敲除，遇到困难，特地请求高人指点。 我将带有同源臂的打靶片段电转化入宿主细胞中，筛选转化子（我用的是卡纳抗性）。对转化子进行菌落pcr，菌落pcr的引物设计在待敲除基因的上下游。我挑了6个转化子，也做了阳性对照（原始株）。结果是有一个有条带，大小跟野生株的一样。另外5个都没有条带。我很纳闷！理论上来说的话应该都能扩增出条带，只是大小不同，可是为什么我有5个都没有能够扩增出条带呢？ 自己也分析了一下原因。 1：有可能是其他带有卡纳抗性的菌株的污染。可是我对这些菌株的别的基因进 行过菌落pcr（实验室有做该细菌别的基因），都是有条带的，表明这些还是我的菌株。 2：会不会是里面的同源交换出错了呢？但是细菌还是有卡纳抗性的。也对这个细菌提过质粒，没有发现质粒条带。 3：菌落pcr的问题吗？可是每一次的阳性对照都很正常啊。 综上所述，希望得到有经验的虫友的帮助，万分感谢！！！！！！！！ |
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renqing001
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
thestormcong: 金币+5 2012-04-26 15:09:45
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-04-26 16:03:21
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小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-04-26 16:03:21
| 同源重组只发生在一条染色体，筛选引物应该设计在替换上去的卡那抗性基因上和短臂的外侧才合适，而不是待敲除的基因两侧，再有不要盲目相信菌落PCR，还是提DNA再做吧！ |
thestormcong
5楼2012-04-26 09:20:21
张宏宇123
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2楼2012-04-25 22:45:27
thestormcong
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3楼2012-04-25 23:18:54
fwks3518
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4楼2012-04-26 08:44:38
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