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yangzhengnan

新虫 (初入文坛)

[求助] 荧光pcr标准曲线问题

今天做了一条标准曲线,很奇怪,目的基因模板按2倍稀释,但是ct值却相差很小,复孔之间的差别很大,但内参复孔间的差别很小,不知各位大侠可不可以给点建议呢?到底是哪里出了问题?
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beautybanana

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

我做了一年多的荧光定量PCR,所以能够给你些建议:1 稀释,你大概是用灭菌的去离子水稀释的吧,一般的用水稀释,DNA并不能很好的均匀分散在水里,尤其是多次梯度稀释,模版稀释10倍,Ct值大约相差3.3,稀释2倍,那么Ct值本身相差就很小,应该是相差1,做标准曲线,模板应该10倍梯度稀释,当多次稀释的话一般就不能用水了,可以买TaKaRa的EASY dilution进行稀释,每次稀释后都要用枪来回吸打数十次,再稍微离心混匀,这样才能保证是梯度稀释,如果没有EASY Dilution 稀释液,配置pH8.0的TE缓冲液,一般稀释到pg级的应该是没有问题的,都很准确,但是到fg级也就是说模板数在几十拷贝或几个拷贝时就不怎么准确了。2 PCR的反应体系的体积应该大一些,至少是10uL,建议是20uL,这样误差就会减少的,当然你加模板的体积一定要准确,加样的技能一定要熟练。
8楼2012-06-24 12:35:41
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+2, 2倍确实太小 2012-04-05 18:43:54
有图有真相
复孔指的技术重复吗?如果是的,注意加样误差,甩出来一丁点都会影响Ct值,同样注意机子可能有加热不匀的情况
为何做2倍稀释呢,太小了吧,稀释10倍看看吧
个人经验,若有说错,高手指点哦
Let God do with it as He wills
2楼2012-04-05 17:38:21
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孙启亮

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
跟我遇到的问题一样,多做几次吧。有可能是基因丰度太低,所以你稀释的不均匀可能是主要原因。因为内参的丰度高,所以你操作的影响不大,但是目的基因就不一样了
3楼2012-04-05 18:35:57
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
理想情况下扩增效率为100%,产物按2的N次方递增,如果模板量相差8倍,Ct值也就相差3而已(2^3=8),所以你的2倍梯度,Ct值也就相差1左右。一般做标准曲线取10倍梯度比较常见哦。
4楼2012-04-05 18:45:51
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