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见神一笑

木虫 (著名写手)

[求助] 16S rRNA文库 引物的选择 已有1人参与

我最近要建一个16S rRNA文库,因为是第一次做,没有什么经验,想请教下各位通用引物的选择有什么要求吗?
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好好努力
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ybfang

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我鉴定菌种用的是1492R和27F或8F
共勉!!!!
2楼2012-04-02 15:18:35
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yaomengche

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
上网查一下,有的文献上面肯定会有的,引物是通用的

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2012-04-04 10:32:43
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见神一笑

木虫 (著名写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by yaomengche at 2012-04-04 10:32:43:
上网查一下,有的文献上面肯定会有的,引物是通用的

引物上需要加酶切位点吗?
好好努力
4楼2012-04-04 18:39:21
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yaomengche

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你只是做一个菌种鉴定,pcr完了,纯化或者直接给公司测序就行了,加酶切位点干嘛,一般是不需要的
5楼2012-04-05 23:30:55
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freerain

禁虫 (职业作家)

感谢参与,应助指数 +1
本帖内容被屏蔽

6楼2012-04-06 02:04:46
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见神一笑

木虫 (著名写手)

你们都误会我的意思了。我这次说详细一点。我有一个土壤样品,想考查其中的微生物物种多样性。我先是从样品提取了元基因组DNA,然后将以细菌和古菌通用引物扩增元基因组中细菌和古菌的16S rDNA,接下来应当是将扩增产物纯化后连T载体,转化到大肠杆菌中后挑取足够的阳性克隆培养,最后抽提质粒做酶切图谱,根据酶切图谱来分析物种多样性。我的问题是不知道引物中要不要引入内切酶的酶切位点?
好好努力
7楼2012-04-06 08:29:47
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zhongzhen

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
见神一笑: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-12-29 09:10:26
引用回帖:
7楼: Originally posted by 见神一笑 at 2012-04-06 08:29:47
你们都误会我的意思了。我这次说详细一点。我有一个土壤样品,想考查其中的微生物物种多样性。我先是从样品提取了元基因组DNA,然后将以细菌和古菌通用引物扩增元基因组中细菌和古菌的16S rDNA,接下来应当是将扩增产 ...

不用啊,酶切图谱主要看你的目的片段的多样性的
8楼2014-12-26 22:42:28
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