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luckydong1

铜虫 (小有名气)

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[求助] 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体已有1人参与

如题，我在使用autodock的时候，配体打开后就不在受体的活性区域中，请问是不是应该要在受体活性中显示，然后设置能包括配体和受体活性区域的box？？？如何调整配体的坐标呢？？

PS：我的配体是用chemoffice优化后，保存为MOL2文件，然后在autodock中处理后保存为PDBQT文件，这样是否有不妥？

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1楼2012-03-21 09:59:56

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hunger1569

铜虫 (初入文坛)

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引用回帖:

5楼: Originally posted by ynqjmzq at 2014-05-16 22:20:26
1.导入配体后，配体没有显示在活性中心是正常的（它怎么可能知道活性中心在哪嘛）。
2.关于活性中心的确定是要靠查找资料得到的，然后在Grid Box中设置参数时把整个活性中心都包括进去就好了。
3.计算后所有可能的 ...

运行autodoack grid以后出错：can't find or open recptor PDBQT file "rigid.pdbqt"，意思是找不到或打不开受体文件，怎么回事？