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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体
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luckydong1

铜虫 (小有名气)

[求助] 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体 已有1人参与

如题，我在使用autodock的时候，配体打开后就不在受体的活性区域中，请问是不是应该要在受体活性中显示，然后设置能包括配体和受体活性区域的box？？？如何调整配体的坐标呢？？

PS： 我的配体是用chemoffice优化后，保存为MOL2文件，然后在autodock中处理后保存为PDBQT文件，这样是否有不妥？
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1楼 2012-03-21 09:59:56
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2 2012-03-22 08:37:54
配体的起始位置不会影响你盒子的设置的，你只要在知道蛋白的活性位点，把活性位点某个原子的坐标设为活性中心就可以了
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2楼2012-03-21 10:57:55
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longytu
chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:44
1

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:44 ]
3楼2012-04-02 17:24:03
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zl2329

木虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 鼓励交流~ 2012-04-30 19:41:48
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-03-21 10:57:55:
配体的起始位置不会影响你盒子的设置的，你只要在知道蛋白的活性位点，把活性位点某个原子的坐标设为活性中心就可以了

就是把她的坐标值分别填在x/y/z里就可以吗，还有就是在autodock里如何实现固定一个分子，将配体分子逐步放入活性口袋里，谢谢
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4楼2012-04-30 15:03:42
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ynqjmzq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1.导入配体后，配体没有显示在活性中心是正常的（它怎么可能知道活性中心在哪嘛）。
2.关于活性中心的确定是要靠查找资料得到的，然后在Grid Box中设置参数时把整个活性中心都包括进去就好了。
3.计算后所有可能的构象都会在你设置的区域内。
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海纳百川，有容乃大
5楼2014-05-16 22:20:26
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hunger1569

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ynqjmzq at 2014-05-16 22:20:26
1.导入配体后，配体没有显示在活性中心是正常的（它怎么可能知道活性中心在哪嘛）。
2.关于活性中心的确定是要靠查找资料得到的，然后在Grid Box中设置参数时把整个活性中心都包括进去就好了。
3.计算后所有可能的 ...

运行autodoack grid以后出错：can't find or open recptor PDBQT file "rigid.pdbqt"，意思是找不到或打不开受体文件，怎么回事？
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6楼2015-11-10 16:52:30
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zhouling1019

新虫 (初入文坛)
您好，我想问您一下，您当时是怎么解决您的这个困扰的？我现在想在我的活性位点附近做一个autodock，但是不知道怎样设置盒子大小？
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7楼2015-12-25 18:04:40
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