应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体
51/1返回列表
查看: 3159  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

luckydong1

铜虫 (小有名气)

[求助] 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体 已有1人参与

如题，我在使用autodock的时候，配体打开后就不在受体的活性区域中，请问是不是应该要在受体活性中显示，然后设置能包括配体和受体活性区域的box？？？如何调整配体的坐标呢？？

PS： 我的配体是用chemoffice优化后，保存为MOL2文件，然后在autodock中处理后保存为PDBQT文件，这样是否有不妥？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-03-21 09:59:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ynqjmzq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1.导入配体后，配体没有显示在活性中心是正常的（它怎么可能知道活性中心在哪嘛）。
2.关于活性中心的确定是要靠查找资料得到的，然后在Grid Box中设置参数时把整个活性中心都包括进去就好了。
3.计算后所有可能的构象都会在你设置的区域内。
赞一下 回复此楼
海纳百川，有容乃大
5楼2014-05-16 22:20:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2 2012-03-22 08:37:54
配体的起始位置不会影响你盒子的设置的，你只要在知道蛋白的活性位点，把活性位点某个原子的坐标设为活性中心就可以了
赞一下 回复此楼
2楼2012-03-21 10:57:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu
chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:44
1

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:44 ]
3楼2012-04-02 17:24:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zl2329

木虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 鼓励交流~ 2012-04-30 19:41:48
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-03-21 10:57:55:
配体的起始位置不会影响你盒子的设置的，你只要在知道蛋白的活性位点，把活性位点某个原子的坐标设为活性中心就可以了

就是把她的坐标值分别填在x/y/z里就可以吗，还有就是在autodock里如何实现固定一个分子，将配体分子逐步放入活性口袋里，谢谢
赞一下 回复此楼
4楼2012-04-30 15:03:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-09-02 00:19 by xiangy672
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +5 bjdxyxy 2026-08-26 5/250 2026-09-01 17:54 by 小伟大博士
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +4 瞬息宇宙 2026-08-31 4/200 2026-09-01 14:58 by jiaoxg
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭