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luckydong1

铜虫 (小有名气)

[求助] 用autodock做对接,box设置无法包括受体活性区域和配体 已有1人参与

如题,我在使用autodock的时候,配体打开后就不在受体的活性区域中,请问是不是应该要在受体活性中显示,然后设置能包括配体和受体活性区域的box???如何调整配体的坐标呢??

PS: 我的配体是用chemoffice优化后,保存为MOL2文件,然后在autodock中处理后保存为PDBQT文件,这样是否有不妥?
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chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:44
1

[ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:44 ]
3楼2012-04-02 17:24:03
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查看全部 7 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2 2012-03-22 08:37:54
配体的起始位置不会影响你盒子的设置的,你只要在知道蛋白的活性位点,把活性位点某个原子的坐标设为活性中心就可以了
2楼2012-03-21 10:57:55
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zl2329

木虫 (小有名气)


chaizhm: 金币+1, 鼓励交流~ 2012-04-30 19:41:48
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-03-21 10:57:55:
配体的起始位置不会影响你盒子的设置的,你只要在知道蛋白的活性位点,把活性位点某个原子的坐标设为活性中心就可以了

就是把她的坐标值分别填在x/y/z里就可以吗,还有就是在autodock里如何实现固定一个分子,将配体分子逐步放入活性口袋里,谢谢
4楼2012-04-30 15:03:42
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ynqjmzq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1.导入配体后,配体没有显示在活性中心是正常的(它怎么可能知道活性中心在哪嘛)。
2.关于活性中心的确定是要靠查找资料得到的,然后在Grid Box中设置参数时把整个活性中心都包括进去就好了。
3.计算后所有可能的构象都会在你设置的区域内。
海纳百川,有容乃大
5楼2014-05-16 22:20:26
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