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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber 小分子出错
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sunmuer

木虫 (小有名气)

[求助] amber 小分子出错

Error: cannot run "/usr/local/amber10/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit
怎么回事
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出清水而不染
1楼 2012-03-16 19:20:41
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minbad

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sunmuer: 金币+3 2012-03-28 10:42:54
应该是小分子里面有不认识的键的类型，譬如如果有稀土元素的话，很可能出现这样的情况。。。
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3楼2012-03-27 19:54:58
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sunmuer: 金币+2 2012-03-28 10:42:50
好好检查一下你的小分子文件吧。说的应该是键的类型有问题而不能使用antechamber。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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努力的生活着
2楼2012-03-17 08:30:09
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