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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 荧光PCR中，荧光阀值的问题
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liwanghua251

金虫 (小有名气)

[交流] 荧光PCR中，荧光阀值的问题

我做相对定量，什么时候需要手动设置阀值？
做了两板PCR，怎么才能一起分析相对定量。例如，一个板子上是0h,12h,24h,36h。另一板上是0h,48h,60h,72h.想把他们同一起来比较，得出不同时间段的表达差异。
是否需要把两板中的0h,的Ct值调成一致。
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1楼 2012-03-14 09:17:49
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andyzhengwp

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
liwanghua251: 金币+1 2012-03-16 18:14:10
阈值是不用调的，机器自动生成，一般只有一个峰，如果出现两个峰有可能是引物二聚体，或者是加样出现了问题
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7楼2012-03-16 12:43:38
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★
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liwanghua251(金币+1): 2012-03-15 09:05:59
1949stone: 金币+1, 鼓励 2012-03-15 09:58:29
不用调阈值的，调了也没意义。阈值虽然能影响CT值，但是不能影响Ct值的差异（前提是阈值设置在合理范围）。
你两个板的不同时间点的样品分别和同一个板上的0h比较，两个板的结果可以放在一起，不过严谨的做法应该是所有样品都在同一个板上跑。
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2楼2012-03-14 22:43:50
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liwanghua251

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by 西瓜 at 2012-03-14 22:43:50:
不用调阈值的，调了也没意义。阈值虽然能影响CT值，但是不能影响Ct值的差异（前提是阈值设置在合理范围）。
你两个板的不同时间点的样品分别和同一个板上的0h比较，两个板的结果可以放在一起，不过严谨的做法应该 ...

我也知道严谨的做法，但是实在是没法放在一起。是不是说一般的阀值都不用改，按照机器给的就可以了吗？
还有个问题就是，阴性对照的作用是什么？我做的阴性对照也有峰怎么回事？
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3楼2012-03-15 09:05:48
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小猫三两只

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
liwanghua251: 金币+1 2012-03-16 12:21:05
引用回帖:
3楼: Originally posted by liwanghua251 at 2012-03-15 09:05:48:
我也知道严谨的做法，但是实在是没法放在一起。是不是说一般的阀值都不用改，按照机器给的就可以了吗？
还有个问题就是，阴性对照的作用是什么？我做的阴性对照也有峰怎么回事？

一般做 荧光定量的话都不用调阀值的，按机器默认的就行。阴性对照有峰说明你的体系可能有污染
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4楼2012-03-15 17:49:10
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