应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 药效团，COMFA
61/1返回列表
查看: 1806  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

win雨

银虫 (小有名气)

[求助] 药效团，COMFA

在maestro中对收集的26个化合物做了个药效团，R2和Q2结果都还行，基于药效团的叠合，将分子导入Sybyl做COMFA，发现结果q2为负值，这是说明我的药效团不好吗？还是其他什么原因？希望大家指点一下!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-03-12 16:09:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

win雨

银虫 (小有名气)
寻求帮助
回复此楼
2楼2012-03-13 10:32:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sfwere

至尊木虫 (职业作家)
建议在一个软件里做
赞一下 回复此楼
最是寂寞心
3楼2012-03-13 16:12:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuzhj01

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 2012-03-14 22:24:28
win雨: 金币+5, ★★★很有帮助, en 谢谢 2012-03-15 12:01:35
这两个方法没有可比性的，
即使是Phase和Catalyst （同样的训练集）得出的结果也可能差别很大。
此外，你的训练集数量少。得到的Q2 以及R2只能证明对这26个化合物的拟合效果较好，并不能表示你的药效团质量。
COMFA基于立场的分析，你的参数确定和是否具有确定构象分子很重要。
个人之见，仅供参考！
赞一下 回复此楼
4楼2012-03-14 21:04:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

win雨

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by xuzhj01 at 2012-03-14 21:04:06:
这两个方法没有可比性的，
即使是Phase和Catalyst （同样的训练集）得出的结果也可能差别很大。
此外，你的训练集数量少。得到的Q2 以及R2只能证明对这26个化合物的拟合效果较好，并不能表示你的药效团质量。
...

哦 我是基于药效团构象的叠合  我见文献中有将两种方法组合做 相互验证啊
赞一下 回复此楼
5楼2012-03-15 08:45:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuzhj01

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by win雨 at 2012-03-15 08:45:05:
哦 我是基于药效团构象的叠合  我见文献中有将两种方法组合做 相互验证啊

可以是基于药效团构象的叠合  或者 是COMFA叠合后的构象用于产生药效团
这样具有可比性 但是需要大的测试集进行验证
如果两者同时进行 我觉得参数以及模板设置比较重要。没有可比性。
当然，你或者叠合药效团和受体，然后对比COMFA的模型和配体做相应的讨论，这样应该没问题。

个人意见 大家一起讨论
赞一下 回复此楼
6楼2012-03-15 10:20:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 win雨 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭