24小时热门版块排行榜    

查看: 2024  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

win雨

银虫 (小有名气)

[求助] 药效团,COMFA

在maestro中对收集的26个化合物做了个药效团,R2和Q2结果都还行,基于药效团的叠合,将分子导入Sybyl做COMFA,发现结果q2为负值,这是说明我的药效团不好吗?还是其他什么原因?希望大家指点一下!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

win雨

银虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by xuzhj01 at 2012-03-14 21:04:06:
这两个方法没有可比性的,
即使是Phase和Catalyst (同样的训练集)得出的结果也可能差别很大。
此外,你的训练集数量少。得到的Q2 以及R2只能证明对这26个化合物的拟合效果较好,并不能表示你的药效团质量。
...

哦 我是基于药效团构象的叠合  我见文献中有将两种方法组合做 相互验证啊
5楼2012-03-15 08:45:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

sfwere

至尊木虫 (职业作家)

建议在一个软件里做
最是寂寞心
3楼2012-03-13 16:12:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuzhj01

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 2012-03-14 22:24:28
win雨: 金币+5, ★★★很有帮助, en 谢谢 2012-03-15 12:01:35
这两个方法没有可比性的,
即使是Phase和Catalyst (同样的训练集)得出的结果也可能差别很大。
此外,你的训练集数量少。得到的Q2 以及R2只能证明对这26个化合物的拟合效果较好,并不能表示你的药效团质量。
COMFA基于立场的分析,你的参数确定和是否具有确定构象分子很重要。
个人之见,仅供参考!
4楼2012-03-14 21:04:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuzhj01

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by win雨 at 2012-03-15 08:45:05:
哦 我是基于药效团构象的叠合  我见文献中有将两种方法组合做 相互验证啊

可以是基于药效团构象的叠合  或者 是COMFA叠合后的构象用于产生药效团
这样具有可比性 但是需要大的测试集进行验证
如果两者同时进行 我觉得参数以及模板设置比较重要。没有可比性。
当然,你或者叠合药效团和受体,然后对比COMFA的模型和配体做相应的讨论,这样应该没问题。

个人意见 大家一起讨论
6楼2012-03-15 10:20:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金啊基金 +3 longfie172 2026-08-20 3/150 2026-08-21 00:04 by wuchongjun
[基金申请] 科研孤儿太难了 +14 我4大白菜 2026-08-20 15/750 2026-08-20 22:33 by 袁向阳007
[基金申请] 让我中一个面上吧! +8 大萍1987 2026-08-20 10/500 2026-08-20 21:48 by 大萍1987
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:05 by spzhao
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 22/1100 2026-08-20 17:03 by yaoyewhu2008
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
请填处理意见