24小时热门版块排行榜    

查看: 1989  |  回复: 5

win雨

银虫 (小有名气)

[求助] 药效团,COMFA

在maestro中对收集的26个化合物做了个药效团,R2和Q2结果都还行,基于药效团的叠合,将分子导入Sybyl做COMFA,发现结果q2为负值,这是说明我的药效团不好吗?还是其他什么原因?希望大家指点一下!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

win雨

银虫 (小有名气)

寻求帮助
2楼2012-03-13 10:32:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sfwere

至尊木虫 (职业作家)

建议在一个软件里做
最是寂寞心
3楼2012-03-13 16:12:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuzhj01

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 2012-03-14 22:24:28
win雨: 金币+5, ★★★很有帮助, en 谢谢 2012-03-15 12:01:35
这两个方法没有可比性的,
即使是Phase和Catalyst (同样的训练集)得出的结果也可能差别很大。
此外,你的训练集数量少。得到的Q2 以及R2只能证明对这26个化合物的拟合效果较好,并不能表示你的药效团质量。
COMFA基于立场的分析,你的参数确定和是否具有确定构象分子很重要。
个人之见,仅供参考!
4楼2012-03-14 21:04:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

win雨

银虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by xuzhj01 at 2012-03-14 21:04:06:
这两个方法没有可比性的,
即使是Phase和Catalyst (同样的训练集)得出的结果也可能差别很大。
此外,你的训练集数量少。得到的Q2 以及R2只能证明对这26个化合物的拟合效果较好,并不能表示你的药效团质量。
...

哦 我是基于药效团构象的叠合  我见文献中有将两种方法组合做 相互验证啊
5楼2012-03-15 08:45:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuzhj01

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by win雨 at 2012-03-15 08:45:05:
哦 我是基于药效团构象的叠合  我见文献中有将两种方法组合做 相互验证啊

可以是基于药效团构象的叠合  或者 是COMFA叠合后的构象用于产生药效团
这样具有可比性 但是需要大的测试集进行验证
如果两者同时进行 我觉得参数以及模板设置比较重要。没有可比性。
当然,你或者叠合药效团和受体,然后对比COMFA的模型和配体做相应的讨论,这样应该没问题。

个人意见 大家一起讨论
6楼2012-03-15 10:20:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 win雨 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上再次挂了,太难了,躺也躺不了,倦也卷不过,小学校之殇! +15 低垂的野花 2026-07-31 20/1000 2026-08-01 14:10 by gltch
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +15 布布和一二 2026-07-30 18/900 2026-08-01 13:56 by gltch
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 8/400 2026-08-01 13:53 by y4XuShGyllvT
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:51 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:51 by y4XuShGyllvT
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 7/350 2026-08-01 13:49 by y4XuShGyllvT
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:49 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 小木虫看见有人已经知道结果了 +16 1234567wang 2026-07-25 20/1000 2026-08-01 08:57 by type2type
[基金申请] 微信指数没变化,科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[教师之家] 基础研究怎么拉横向,学校到款任务越来越多,难以完成 拉横向,都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 8/400 2026-07-31 18:13 by beefly
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液,是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了,估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 今年的WR进展到哪一步了? +5 wsgjhwz 2026-07-25 9/450 2026-07-30 12:59 by 可淡不可忘
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 时间戳他又来了 +14 晓晓爱翠翠 2026-07-26 17/850 2026-07-29 16:30 by 呵呵二哥
[有机交流] 这个自发加氧反应的机理是什么? 50+4 YUAN2273 2026-07-25 7/350 2026-07-29 12:27 by xiaobenpu
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了,我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
[基金申请] 准备明年的基金了 +5 Tide man 2026-07-27 5/250 2026-07-28 09:25 by newfuzzy1
[分析] 水蒸气蒸馏法乳化现象 +3 月光娇娇 2026-07-26 3/150 2026-07-26 23:25 by caiyun
信息提示
请填处理意见