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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 药效团，COMFA
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win雨

银虫 (小有名气)

[求助] 药效团，COMFA

在maestro中对收集的26个化合物做了个药效团，R2和Q2结果都还行，基于药效团的叠合，将分子导入Sybyl做COMFA，发现结果q2为负值，这是说明我的药效团不好吗？还是其他什么原因？希望大家指点一下!
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1楼 2012-03-12 16:09:54
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xuzhj01

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 2012-03-14 22:24:28
win雨: 金币+5, ★★★很有帮助, en 谢谢 2012-03-15 12:01:35
这两个方法没有可比性的，
即使是Phase和Catalyst （同样的训练集）得出的结果也可能差别很大。
此外，你的训练集数量少。得到的Q2 以及R2只能证明对这26个化合物的拟合效果较好，并不能表示你的药效团质量。
COMFA基于立场的分析，你的参数确定和是否具有确定构象分子很重要。
个人之见，仅供参考！
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4楼2012-03-14 21:04:06
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sfwere

至尊木虫 (职业作家)
建议在一个软件里做
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最是寂寞心
3楼2012-03-13 16:12:28
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win雨

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by xuzhj01 at 2012-03-14 21:04:06:
这两个方法没有可比性的，
即使是Phase和Catalyst （同样的训练集）得出的结果也可能差别很大。
此外，你的训练集数量少。得到的Q2 以及R2只能证明对这26个化合物的拟合效果较好，并不能表示你的药效团质量。
...

哦 我是基于药效团构象的叠合  我见文献中有将两种方法组合做 相互验证啊
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5楼2012-03-15 08:45:05
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xuzhj01

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by win雨 at 2012-03-15 08:45:05:
哦 我是基于药效团构象的叠合  我见文献中有将两种方法组合做 相互验证啊

可以是基于药效团构象的叠合  或者 是COMFA叠合后的构象用于产生药效团
这样具有可比性 但是需要大的测试集进行验证
如果两者同时进行 我觉得参数以及模板设置比较重要。没有可比性。
当然，你或者叠合药效团和受体，然后对比COMFA的模型和配体做相应的讨论，这样应该没问题。

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6楼2012-03-15 10:20:27
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