24小时热门版块排行榜    

查看: 1202  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lanwei163163

银虫 (著名写手)

[求助] 有什么软件可以把cDNA map到genome上

我下载到了水稻cDNA数据还有全基因组数据,我现在想把cDNA map到基因组上。不知道有哪位大神以前做过这个,有什么软件推荐下?
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaokoupu

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼上的信息实用。
不过如果楼主是想联系mapping cDNA,嘎么最好还是选用一些能够对剪切信号进行识别的软件,例如SIM4,spidey之类
5楼2012-04-03 19:30:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

竖叶0410

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Bowtie,速度应该蛮快的,Tophat速度比较慢,精度大概教高一点。
古之成大事者,不惟有超世之才,亦必有坚韧不拔之志。
2楼2012-03-03 12:40:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sein_tao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lanwei163163: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-04-09 15:23:09
Blat
但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
3楼2012-03-03 14:00:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sheepyuan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Blast就可以,最简单实用,各方面都用得着。
不过你难道是想得到DNA的位置信息?不需要用软件啊,日本晴IRGSP 1.0的正式数据已经公布了,相对应的RGAP Release7 annotation数据也公布了,你只要去找GFF文件,就可以知道每一条基因对应基因组的所有信息,起始子、终止子、UTR、intron、exon等等等等,很全的
4楼2012-03-05 21:24:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 278求调剂 +9 烟火先于春 2026-03-17 9/450 2026-03-21 17:47 by 学员8dgXkO
[考研] 22 350 本科985求调剂,求老登收留 +3 李轶男003 2026-03-20 3/150 2026-03-21 13:28 by 搏击518
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +14 chaojifeixia 2026-03-19 15/750 2026-03-21 13:24 by zhukairuo
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
[考研] 316求调剂 +6 梁茜雯 2026-03-19 6/300 2026-03-21 06:32 by Ecowxq666!
[考研] 材料工程(专)一志愿985 初试335求调剂 +3 hiloiy 2026-03-17 4/200 2026-03-21 03:04 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 一志愿南昌大学,327分,材料与化工085600 +9 Ncdx123456 2026-03-19 9/450 2026-03-20 23:41 by lovewei0727
[考研] 一志愿 西北大学 ,070300化学学硕,总分287,双非一本,求调剂。 +4 晨昏线与星海 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:15 by JourneyLucky
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:35 by 学员8dgXkO
[考研] 289求调剂 +6 怀瑾握瑜l 2026-03-20 6/300 2026-03-20 20:30 by 学员8dgXkO
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂(0854都可以) +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 一志愿985,本科211,0817化学工程与技术319求调剂 +10 Liwangman 2026-03-15 10/500 2026-03-19 10:25 by 无际的草原
[考研] 本科郑州大学物理学院,一志愿华科070200学硕,346求调剂 +4 我不是一根葱 2026-03-18 4/200 2026-03-19 09:11 by 浮云166
[考研] 311求调剂 +6 26研0 2026-03-15 6/300 2026-03-18 14:43 by haxia
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
信息提示
请填处理意见