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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 有什么软件可以把cDNA map到genome上
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lanwei163163

银虫 (著名写手)

[求助] 有什么软件可以把cDNA map到genome上

我下载到了水稻cDNA数据还有全基因组数据，我现在想把cDNA map到基因组上。不知道有哪位大神以前做过这个，有什么软件推荐下？
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1楼2012-03-02 18:23:56
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sein_tao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lanwei163163: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-04-09 15:23:09
Blat
但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
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3楼2012-03-03 14:00:23
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竖叶0410

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Bowtie,速度应该蛮快的，Tophat速度比较慢，精度大概教高一点。
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古之成大事者，不惟有超世之才，亦必有坚韧不拔之志。
2楼2012-03-03 12:40:21
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sheepyuan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Blast就可以，最简单实用，各方面都用得着。
不过你难道是想得到DNA的位置信息？不需要用软件啊，日本晴IRGSP 1.0的正式数据已经公布了，相对应的RGAP Release7 annotation数据也公布了，你只要去找GFF文件，就可以知道每一条基因对应基因组的所有信息，起始子、终止子、UTR、intron、exon等等等等，很全的
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4楼2012-03-05 21:24:15
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xiaokoupu

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼上的信息实用。
不过如果楼主是想联系mapping cDNA，嘎么最好还是选用一些能够对剪切信号进行识别的软件，例如SIM4，spidey之类
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5楼2012-04-03 19:30:24
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