24小时热门版块排行榜    

查看: 1374  |  回复: 5

lanwei163163

银虫 (著名写手)

[求助] 有什么软件可以把cDNA map到genome上

我下载到了水稻cDNA数据还有全基因组数据,我现在想把cDNA map到基因组上。不知道有哪位大神以前做过这个,有什么软件推荐下?
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

竖叶0410

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Bowtie,速度应该蛮快的,Tophat速度比较慢,精度大概教高一点。
古之成大事者,不惟有超世之才,亦必有坚韧不拔之志。
2楼2012-03-03 12:40:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sein_tao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lanwei163163: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-04-09 15:23:09
Blat
但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
3楼2012-03-03 14:00:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sheepyuan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Blast就可以,最简单实用,各方面都用得着。
不过你难道是想得到DNA的位置信息?不需要用软件啊,日本晴IRGSP 1.0的正式数据已经公布了,相对应的RGAP Release7 annotation数据也公布了,你只要去找GFF文件,就可以知道每一条基因对应基因组的所有信息,起始子、终止子、UTR、intron、exon等等等等,很全的
4楼2012-03-05 21:24:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaokoupu

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼上的信息实用。
不过如果楼主是想联系mapping cDNA,嘎么最好还是选用一些能够对剪切信号进行识别的软件,例如SIM4,spidey之类
5楼2012-04-03 19:30:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

学大生物

铜虫 (著名写手)

送红花一朵
楼主你好,我想问下水稻cDNA数据能够在哪个网站下载呢?可不可以给个链接,万分感谢!
可以发到我邮箱吗?zhang84004@yahoo.com.cn
。。。。。。
6楼2013-04-21 11:04:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lanwei163163 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +5 Ldrop2023 2026-08-13 5/250 2026-08-14 18:48 by ssxclkj
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +8 a089 2026-08-07 8/400 2026-08-14 18:46 by beefly
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +6 majunge000 2026-08-11 8/400 2026-08-14 14:44 by 医学老男孩
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +5 工厂打螺丝 2026-08-08 5/250 2026-08-14 11:03 by 玖戈弋
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +10 Tide man 2026-08-10 11/550 2026-08-14 10:30 by 沁言学术
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
信息提示
请填处理意见