24小时热门版块排行榜    

查看: 1201  |  回复: 5

lanwei163163

银虫 (著名写手)

[求助] 有什么软件可以把cDNA map到genome上

我下载到了水稻cDNA数据还有全基因组数据,我现在想把cDNA map到基因组上。不知道有哪位大神以前做过这个,有什么软件推荐下?
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

竖叶0410

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Bowtie,速度应该蛮快的,Tophat速度比较慢,精度大概教高一点。
古之成大事者,不惟有超世之才,亦必有坚韧不拔之志。
2楼2012-03-03 12:40:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sein_tao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lanwei163163: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-04-09 15:23:09
Blat
但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
3楼2012-03-03 14:00:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sheepyuan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Blast就可以,最简单实用,各方面都用得着。
不过你难道是想得到DNA的位置信息?不需要用软件啊,日本晴IRGSP 1.0的正式数据已经公布了,相对应的RGAP Release7 annotation数据也公布了,你只要去找GFF文件,就可以知道每一条基因对应基因组的所有信息,起始子、终止子、UTR、intron、exon等等等等,很全的
4楼2012-03-05 21:24:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaokoupu

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼上的信息实用。
不过如果楼主是想联系mapping cDNA,嘎么最好还是选用一些能够对剪切信号进行识别的软件,例如SIM4,spidey之类
5楼2012-04-03 19:30:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

学大生物

铜虫 (著名写手)

送红花一朵
楼主你好,我想问下水稻cDNA数据能够在哪个网站下载呢?可不可以给个链接,万分感谢!
可以发到我邮箱吗?zhang84004@yahoo.com.cn
。。。。。。
6楼2013-04-21 11:04:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lanwei163163 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 297求调剂 +11 戏精丹丹丹 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:47 by ColorlessPI
[考研] 286求调剂 +8 Faune 2026-03-21 8/400 2026-03-21 17:16 by 学员8dgXkO
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-21 3/150 2026-03-21 16:37 by macy2011
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-20 7/350 2026-03-21 16:36 by barlinike
[考研] 求调剂 +4 十三加油 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:20 by barlinike
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +5 脱颖而出 2026-03-16 15/750 2026-03-21 10:16 by 脱颖而出
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 307求调剂 +10 冷笙123 2026-03-17 10/500 2026-03-21 01:54 by JourneyLucky
[考研] 材料 336 求调剂 +3 An@. 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:39 by JourneyLucky
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +15 陌の森林 2026-03-18 15/750 2026-03-20 23:28 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 司空. 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:08 by JourneyLucky
[考研] 350求调剂 +5 weudhdk 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:04 by luoyongfeng
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 一志愿吉林大学材料学硕321求调剂 +11 Ymlll 2026-03-18 15/750 2026-03-20 19:40 by 丁丁*
[考研] 广西大学家禽遗传育种课题组2026年硕士招生(接收计算机专业调剂) +3 123阿标 2026-03-17 3/150 2026-03-20 15:58 by 飞行琦
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂(0854都可以) +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
[考研] 0703化学调剂 +4 18889395102 2026-03-18 4/200 2026-03-19 16:13 by 30660438
[考研] 材料与化工求调剂 +7 为学666 2026-03-16 7/350 2026-03-19 14:48 by 尽舜尧1
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
信息提示
请填处理意见