24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1237  |  回复: 5

lanwei163163

银虫 (著名写手)

[求助] 有什么软件可以把cDNA map到genome上

我下载到了水稻cDNA数据还有全基因组数据,我现在想把cDNA map到基因组上。不知道有哪位大神以前做过这个,有什么软件推荐下?
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

竖叶0410

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Bowtie,速度应该蛮快的,Tophat速度比较慢,精度大概教高一点。
古之成大事者,不惟有超世之才,亦必有坚韧不拔之志。
2楼2012-03-03 12:40:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sein_tao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lanwei163163: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-04-09 15:23:09
Blat
但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
3楼2012-03-03 14:00:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sheepyuan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Blast就可以,最简单实用,各方面都用得着。
不过你难道是想得到DNA的位置信息?不需要用软件啊,日本晴IRGSP 1.0的正式数据已经公布了,相对应的RGAP Release7 annotation数据也公布了,你只要去找GFF文件,就可以知道每一条基因对应基因组的所有信息,起始子、终止子、UTR、intron、exon等等等等,很全的
4楼2012-03-05 21:24:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaokoupu

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼上的信息实用。
不过如果楼主是想联系mapping cDNA,嘎么最好还是选用一些能够对剪切信号进行识别的软件,例如SIM4,spidey之类
5楼2012-04-03 19:30:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

学大生物

铜虫 (著名写手)

送红花一朵
楼主你好,我想问下水稻cDNA数据能够在哪个网站下载呢?可不可以给个链接,万分感谢!
可以发到我邮箱吗?zhang84004@yahoo.com.cn
。。。。。。
6楼2013-04-21 11:04:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lanwei163163 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 通信工程求调剂!!! +7 zlb770521 2026-04-14 7/350 2026-04-19 20:56 by Equinoxhua
[考研] 297,工科调剂? +11 河南农业大学-能 2026-04-14 11/550 2026-04-19 20:07 by Equinoxhua
[考博] 申博自荐 +4 Linxia林夏 2026-04-13 4/200 2026-04-19 19:55 by Equinoxhua
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-17 9/450 2026-04-19 19:51 by Equinoxhua
[考研] 289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校) +5 白云123456789 2026-04-13 5/250 2026-04-19 18:12 by Equinoxhua
[考研] 求调剂推荐 +9 小聂爱学习 2026-04-14 9/450 2026-04-19 17:03 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 生物学调剂 +10 纸扇zhishan 2026-04-13 10/500 2026-04-18 21:19 by zqndavala
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[考研] 22408 312求调剂 +24 门路摸摸 2026-04-14 26/1300 2026-04-18 13:04 by wunaiy88
[考研] 收到复试调剂但是去不了 +8 小蜗牛* 2026-04-16 8/400 2026-04-18 11:15 by zixin2025
[考研] 急需调剂 +9 绝不放弃22 2026-04-15 10/500 2026-04-18 08:09 by chixmc
[考研] 一志愿华中农业071010,320求调剂 +17 困困困困坤坤 2026-04-14 19/950 2026-04-17 20:08 by 关一盏灯cd
[考研] 295分求调剂 +5 ?要上岸? 2026-04-17 5/250 2026-04-17 16:51 by fenglj492
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
[考研] 297,工科调剂?河南农业大学本科 +14 河南农业大学-能 2026-04-14 14/700 2026-04-16 14:41 by dingyanbo1
[基金申请] RY:中国产出的科学垃圾论文,绝对数量和比例都世界第一 +7 zju2000 2026-04-14 18/900 2026-04-16 11:36 by 欢乐颂叶蓁
[考研] 求调剂学校 +14 不会吃肉 2026-04-13 16/800 2026-04-15 21:59 by noqvsozv
[考研] 各位老师好,求调剂,本科211,一志愿天津大学生物与医药学硕,差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[教师之家] 转长聘了 +7 简单化xn 2026-04-13 7/350 2026-04-14 14:50 by xindong
信息提示
请填处理意见