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lanwei163163

银虫 (著名写手)

[求助] 有什么软件可以把cDNA map到genome上

我下载到了水稻cDNA数据还有全基因组数据,我现在想把cDNA map到基因组上。不知道有哪位大神以前做过这个,有什么软件推荐下?
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竖叶0410

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Bowtie,速度应该蛮快的,Tophat速度比较慢,精度大概教高一点。
古之成大事者,不惟有超世之才,亦必有坚韧不拔之志。
2楼2012-03-03 12:40:21
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sein_tao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lanwei163163: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-04-09 15:23:09
Blat
但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
3楼2012-03-03 14:00:23
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sheepyuan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Blast就可以,最简单实用,各方面都用得着。
不过你难道是想得到DNA的位置信息?不需要用软件啊,日本晴IRGSP 1.0的正式数据已经公布了,相对应的RGAP Release7 annotation数据也公布了,你只要去找GFF文件,就可以知道每一条基因对应基因组的所有信息,起始子、终止子、UTR、intron、exon等等等等,很全的
4楼2012-03-05 21:24:15
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xiaokoupu

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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楼上的信息实用。
不过如果楼主是想联系mapping cDNA,嘎么最好还是选用一些能够对剪切信号进行识别的软件,例如SIM4,spidey之类
5楼2012-04-03 19:30:24
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学大生物

铜虫 (著名写手)

送红花一朵
楼主你好,我想问下水稻cDNA数据能够在哪个网站下载呢?可不可以给个链接,万分感谢!
可以发到我邮箱吗?zhang84004@yahoo.com.cn
。。。。。。
6楼2013-04-21 11:04:42
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