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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Anneal 优化结构的问题
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零度不结冰

新虫 (小有名气)

[交流] Anneal 优化结构的问题 已有1人参与

探讨一个问题，文献中讲到通过MS Focite Anneal得到优化后的构型，但是在Anneal优化的过程中，得到的两个xtd的轨迹文件，一个是name.xtd一个是name anneal.xtd，请问这两个里面分别包含的是那几步过程的轨迹。在选取最优构型时是通过计算比较Hamiltonian大小排序选择，还是通过计算total energy计算选择。
还有一个问题，就是在进行Anneal的过程中Geometry Optimization这个选项勾选上对结果有什么影响，定义中GO过程是对每一步Anneal cycle产生的low energy 进行Minimize然后输出，不知道这种结果和不选择G.O相比较会有什么不同呢，或者说GO过程是如何优化构型的呢？
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我的态度决定我的高度。
1楼 2012-02-29 15:41:13
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mutueng

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-12 16:47:54
go是通过对势能求最小值得到最稳态的，具体方法是结构优化的各种方法，看ms帮助文件theory去吧。输出两个轨迹文件，一个是设置里面不是有每多少步输出一个构象？另一个是每个退火周期后输出的。go是对每个退火周期输出构象的优化。
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懒人一个
3楼2012-04-12 16:11:53
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零度不结冰

新虫 (小有名气)
自己顶一下，希望有人来解答一下
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我的态度决定我的高度。
2楼2012-03-02 11:23:07
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