24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2927  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

wanghuiyanyx

金虫 (著名写手)


[求助] RNA样品中的未除尽基因组DNA

用Qiagen小提试剂盒(包括柱子上DNaseI处理过程)提取细菌RNA用于芯片,电泳看不到基因组条带,但是以此样品作为模板进行PCR,却可以扩增出目的片段!这样的样品是否还需要再进行DNaseI处理?但是担心这样再处理一遍会导致样品被稀释,且RNA纯度受影响。请高手指教!

[ Last edited by wanghuiyanyx on 2012-2-28 at 22:08 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longrna

新虫 (正式写手)

★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励应助,补上! 2012-03-08 18:34:35
担心降解可以把RNA沉淀下来再加上无水乙醇进行干冰运输。
其他RNA-seq也没要求必须除尽DNA吧?芯片就不清楚了
氯仿再抽提一次加上去掉的DNA在OD值上估计会损失40-50%。
伟大航线....
4楼2012-02-29 10:50:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

longrna

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
小丹木木(金币+2): 还是很热心哦 2012-02-29 10:00:19
wanghuiyanyx(金币+20): ★★★很有帮助 2012-02-29 10:36:27
用于芯片估计对DNA污染要求很高吧?
个人经验:柱上消化效率不如在溶液体系里加DNase I消化。
既然你都提出来RNA了只能再进行DNaseI消化处理一次咯,当然,消化处理后用柱子或氯仿抽提一次即可不必担心纯度及浓度的问题(亦可去掉DNaseI)。不过你需要担心的是操作得非常谨慎注意,切勿到时把DNA消化干净了,RNA也跟着去了...
祝好!

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

伟大航线....
2楼2012-02-29 09:16:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wanghuiyanyx

金虫 (著名写手)


送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by longrna at 2012-02-29 09:16:13:
用于芯片估计对DNA污染要求很高吧?
个人经验:柱上消化效率不如在溶液体系里加DNase I消化。
既然你都提出来RNA了只能再进行DNaseI消化处理一次咯,当然,消化处理后用柱子或氯仿抽提一次即可不必担心纯度及浓 ...

谢谢你的建议,我以前做qPCR的时候,提完RNA后用DNaseI处理后直接灭活的,但是用于芯片或RNA-SEQ的话,这样样品里会有杂志,担心影响下游反应及运输途中降解。想请教一下用氯仿再抽提一次会不会损失很多RNA啊?
3楼2012-02-29 10:21:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wanghuiyanyx

金虫 (著名写手)


引用回帖:
: Originally posted by longrna at 2012-02-29 10:50:35:
担心降解可以把RNA沉淀下来再加上无水乙醇进行干冰运输。
其他RNA-seq也没要求必须除尽DNA吧?芯片就不清楚了
氯仿再抽提一次加上去掉的DNA在OD值上估计会损失40-50%。

是的,RNA-seq仅根据OD和电泳图判断质量,但是残存的微量DNA会不会对基因表达水平分析有影响呢?亲爱的longrna ,请教一下有没有做过RNA-SEQ呢?
5楼2012-02-29 12:15:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 083000学硕274求调剂 +11 Li李鱼 2026-03-26 11/550 2026-03-31 08:24 by jp9609
[考研] 085404 22408 315分 +3 zhuangyan123 2026-03-31 3/150 2026-03-31 07:57 by 机械调剂-北石化
[考研] 一志愿 南京航空航天大学 ,080500材料科学与工程学硕 +4 @taotao 2026-03-30 4/200 2026-03-31 04:04 by zhyzzh
[考研] 285求调剂 +6 AZMK 2026-03-29 9/450 2026-03-30 21:02 by dophin1985
[考研] 一志愿中海洋材料357 +3 麦恩莉. 2026-03-30 3/150 2026-03-30 21:01 by chixmc
[考研] 085600 295分求调剂 +7 W55j 2026-03-30 9/450 2026-03-30 20:36 by dick_runner
[考研] 化学308分调剂 +7 你好明天你好 2026-03-30 8/400 2026-03-30 13:02 by 你好明天你好
[考研] 085701求调剂初试286分 +5 secret0328 2026-03-28 5/250 2026-03-30 12:54 by fangnagu
[硕博家园] 求调剂 有机化学考研356分 +10 Nadiums 2026-03-25 11/550 2026-03-30 11:56 by yjolah
[考研] 求调剂,一志愿 南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕 +6 @taotao 2026-03-26 7/350 2026-03-30 10:43 by 我是小康
[考研] 一志愿211,335分,0856,求调剂院校和导师 +7 倾____萧 2026-03-27 8/400 2026-03-30 09:37 by longlotian
[考研] 0856求调剂 +13 zhn03 2026-03-25 14/700 2026-03-29 08:13 by fmesaito
[硕博家园] 招收生物学/细胞生物学调剂 +4 IceGuo 2026-03-26 5/250 2026-03-29 01:25 by griffith2014
[考研] 求调剂推荐 材料 304 +15 荷包蛋hyj 2026-03-26 15/750 2026-03-28 04:13 by fmesaito
[考研] 求调剂 +4 零八# 2026-03-27 4/200 2026-03-27 18:07 by yu221
[考研] 272求调剂 +7 脚滑的守法公民 2026-03-27 7/350 2026-03-27 17:23 by laoshidan
[考研] 一志愿郑大085600,310分求调剂 +5 李潇可 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:14 by 不吃魚的貓
[硕博家园] 北京林业大学硕导招生广告 +6 kongweilin 2026-03-26 8/400 2026-03-27 10:18 by FF_16
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:03 by Ainin_
[考研] 考研一志愿苏州大学初始315(英一)求调剂 +3 sbdksD 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:16 by xcjcqu
信息提示
请填处理意见