应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock离子电荷参数修改问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 2277  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lovedi

银虫 (小有名气)

[交流] autodock离子电荷参数修改问题

autodock 时 对接的蛋白具有二价铁离子，这个阳离子与要对接的配体有相互作用
但是ADT准备文件时 老是提示 Fe离子电荷为0，可能没有定义吧
我要不要在蛋白的pdbqt文件将铁离子的电荷修改为2价呢？电荷修补修改对结果影响大吗？
电荷修改与否对结果影响大吗？
我自己看的结果是差别不大。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-02-24 20:25:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

therotyonth

金虫 (正式写手)
★
lovedi(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
2楼: Originally posted by wuhaigang at 2012-02-25 15:24:45
这个是需要查找相关文献的，你可以看看保存为pdbqt的文件中，大部分电荷都不是整数的。这个是需要用实验验证的，我用的锌离子，在改后是用0.95e

你好！我在pdbqt文件中把zinc的电荷改成了0.95，不过在autogrid这一步的时候提示没有zinc的电荷，不知道这其中有什么要特别注意的吗？谢谢
赞一下 回复此楼
6楼2014-08-24 15:47:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

wuhaigang

木虫 (著名写手)
★
lovedi(金币+1):谢谢参与
lovedi(金币+3): 2012-02-26 16:24:55
这个是需要查找相关文献的，你可以看看保存为pdbqt的文件中，大部分电荷都不是整数的。这个是需要用实验验证的，我用的锌离子，在改后是用0.95e
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-02-25 15:24:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovedi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by wuhaigang at 2012-02-25 15:24:45:
这个是需要查找相关文献的，你可以看看保存为pdbqt的文件中，大部分电荷都不是整数的。这个是需要用实验验证的，我用的锌离子，在改后是用0.95e

文献里报道的是二价的，我是不是可以再PDBQT文件里修改为二价就可以了
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-26 16:24:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhaigang

木虫 (著名写手)
★
lovedi(金币+1):谢谢参与
lovedi(金币+1): 2012-02-26 21:05:32
chaizhm(金币+1): 2012-02-27 22:00:01
引用回帖:
3楼: Originally posted by lovedi at 2012-02-26 16:24:36:
文献里报道的是二价的，我是不是可以再PDBQT文件里修改为二价就可以了

你做好查查有没有相关的文献有关计算中队亚铁离子电荷设定，如果有，你可以验证一下，在使用，不然别人的数据你不一定适合的
赞一下 回复此楼
4楼2012-02-26 16:27:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
longytu5楼
2012-04-02 19:07   回复  
lovedi(金币+1): 谢谢参与
hao [ Last edited by longytu on 2012-4-3 at 08:29 ]
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 26考研-291分-厦门大学（085601）-柔性电子学院材料工程专业求调剂 +4 min3 2026-03-24 5/250 2026-03-30 16:41 by 梨子～
[考研] 334分 一志愿武理 材料求调剂 +14 李李不服输 2026-03-26 14/700 2026-03-30 16:39 by oooqiao
[考研] 材料科学与工程调剂 +8 深V宿舍吧 2026-03-30 8/400 2026-03-30 16:19 by 晶体之美
[考研] 266分，求材料相关专业调剂 +4 哇呼哼呼哼 2026-03-30 4/200 2026-03-30 16:17 by wangjy2002
[考研] 085600 295分求调剂 +4 W55j 2026-03-30 5/250 2026-03-30 16:13 by JourneyLucky
[考研] 284求调剂 +14 junqihahaha 2026-03-26 15/750 2026-03-30 14:12 by 探123
[考研] 085701求调剂初试286分 +5 secret0328 2026-03-28 5/250 2026-03-30 12:54 by fangnagu
[考研] 297求调剂 +13 田洪有 2026-03-26 13/650 2026-03-30 11:33 by 替代品000
[考研] 材料与化工272求调剂 +21 阿斯蒂芬2004 2026-03-28 21/1050 2026-03-30 10:52 by 晴空210210
[考研] 318求调剂 +7 陈晨79 2026-03-30 7/350 2026-03-30 10:49 by 探123
[考研] 一志愿中南大学化学0703总分337求调剂 +6 niko- 2026-03-27 6/300 2026-03-30 10:25 by herarysara
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +4 邱gl 2026-03-26 7/350 2026-03-30 08:39 by 探123
[考研] 085600，专业课化工原理，320分求调剂 +4 大馋小子 2026-03-29 4/200 2026-03-29 23:12 by Evan_Liu
[考研] 327求调剂 +6 汲亦昊 2026-03-29 6/300 2026-03-29 13:40 by peike
[考研] 352分-085602-一志愿985 +5 海纳百川Ly 2026-03-29 5/250 2026-03-29 09:57 by Sjndkwm
[考研] 材料277求调剂 +7 min3 2026-03-24 7/350 2026-03-28 11:39 by xuxiang
[考研] 材料292调剂 +12 橘颂思美人 2026-03-23 12/600 2026-03-27 15:44 by caszguilin
[考研] 292求调剂 +4 求求了收下我吧� 2026-03-26 4/200 2026-03-27 10:37 by zhshch
[考研] 324求调剂 +5 hanamiko 2026-03-26 5/250 2026-03-27 10:33 by wangjy2002
[考研] 打过很多竞赛，085406控制工程300分，求调剂 +3 askeladz 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:08 by 给你你注意休息
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭