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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock离子电荷参数修改问题
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lovedi

银虫 (小有名气)

[交流] autodock离子电荷参数修改问题

autodock 时 对接的蛋白具有二价铁离子，这个阳离子与要对接的配体有相互作用
但是ADT准备文件时 老是提示 Fe离子电荷为0，可能没有定义吧
我要不要在蛋白的pdbqt文件将铁离子的电荷修改为2价呢？电荷修补修改对结果影响大吗？
电荷修改与否对结果影响大吗？
我自己看的结果是差别不大。
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1楼 2012-02-24 20:25:06
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lovedi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by wuhaigang at 2012-02-25 15:24:45:
这个是需要查找相关文献的，你可以看看保存为pdbqt的文件中，大部分电荷都不是整数的。这个是需要用实验验证的，我用的锌离子，在改后是用0.95e

文献里报道的是二价的，我是不是可以再PDBQT文件里修改为二价就可以了
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3楼2012-02-26 16:24:36
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