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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock离子电荷参数修改问题
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lovedi

银虫 (小有名气)

[交流] autodock离子电荷参数修改问题

autodock 时 对接的蛋白具有二价铁离子，这个阳离子与要对接的配体有相互作用
但是ADT准备文件时 老是提示 Fe离子电荷为0，可能没有定义吧
我要不要在蛋白的pdbqt文件将铁离子的电荷修改为2价呢？电荷修补修改对结果影响大吗？
电荷修改与否对结果影响大吗？
我自己看的结果是差别不大。
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1楼 2012-02-24 20:25:06
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lovedi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by wuhaigang at 2012-02-25 15:24:45:
这个是需要查找相关文献的，你可以看看保存为pdbqt的文件中，大部分电荷都不是整数的。这个是需要用实验验证的，我用的锌离子，在改后是用0.95e

文献里报道的是二价的，我是不是可以再PDBQT文件里修改为二价就可以了
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3楼2012-02-26 16:24:36
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wuhaigang

木虫 (著名写手)
★
lovedi(金币+1):谢谢参与
lovedi(金币+3): 2012-02-26 16:24:55
这个是需要查找相关文献的，你可以看看保存为pdbqt的文件中，大部分电荷都不是整数的。这个是需要用实验验证的，我用的锌离子，在改后是用0.95e
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2楼2012-02-25 15:24:45
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wuhaigang

木虫 (著名写手)
★
lovedi(金币+1):谢谢参与
lovedi(金币+1): 2012-02-26 21:05:32
chaizhm(金币+1): 2012-02-27 22:00:01
引用回帖:
3楼: Originally posted by lovedi at 2012-02-26 16:24:36:
文献里报道的是二价的，我是不是可以再PDBQT文件里修改为二价就可以了

你做好查查有没有相关的文献有关计算中队亚铁离子电荷设定，如果有，你可以验证一下，在使用，不然别人的数据你不一定适合的
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4楼2012-02-26 16:27:55
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therotyonth

金虫 (正式写手)
★
lovedi(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
2楼: Originally posted by wuhaigang at 2012-02-25 15:24:45
这个是需要查找相关文献的，你可以看看保存为pdbqt的文件中，大部分电荷都不是整数的。这个是需要用实验验证的，我用的锌离子，在改后是用0.95e

你好！我在pdbqt文件中把zinc的电荷改成了0.95，不过在autogrid这一步的时候提示没有zinc的电荷，不知道这其中有什么要特别注意的吗？谢谢
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6楼2014-08-24 15:47:26
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longytu5楼
2012-04-02 19:07   回复  
lovedi(金币+1): 谢谢参与
hao [ Last edited by longytu on 2012-4-3 at 08:29 ]
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