应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock离子电荷参数修改问题
61/1返回列表
查看: 2251  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lovedi

银虫 (小有名气)

[交流] autodock离子电荷参数修改问题

autodock 时 对接的蛋白具有二价铁离子，这个阳离子与要对接的配体有相互作用
但是ADT准备文件时 老是提示 Fe离子电荷为0，可能没有定义吧
我要不要在蛋白的pdbqt文件将铁离子的电荷修改为2价呢？电荷修补修改对结果影响大吗？
电荷修改与否对结果影响大吗？
我自己看的结果是差别不大。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-02-24 20:25:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhaigang

木虫 (著名写手)
★
lovedi(金币+1):谢谢参与
lovedi(金币+3): 2012-02-26 16:24:55
这个是需要查找相关文献的，你可以看看保存为pdbqt的文件中，大部分电荷都不是整数的。这个是需要用实验验证的，我用的锌离子，在改后是用0.95e
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-02-25 15:24:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovedi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by wuhaigang at 2012-02-25 15:24:45:
这个是需要查找相关文献的，你可以看看保存为pdbqt的文件中，大部分电荷都不是整数的。这个是需要用实验验证的，我用的锌离子，在改后是用0.95e

文献里报道的是二价的，我是不是可以再PDBQT文件里修改为二价就可以了
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-26 16:24:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhaigang

木虫 (著名写手)
★
lovedi(金币+1):谢谢参与
lovedi(金币+1): 2012-02-26 21:05:32
chaizhm(金币+1): 2012-02-27 22:00:01
引用回帖:
3楼: Originally posted by lovedi at 2012-02-26 16:24:36:
文献里报道的是二价的，我是不是可以再PDBQT文件里修改为二价就可以了

你做好查查有没有相关的文献有关计算中队亚铁离子电荷设定，如果有，你可以验证一下，在使用，不然别人的数据你不一定适合的
赞一下 回复此楼
4楼2012-02-26 16:27:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

therotyonth

金虫 (正式写手)
★
lovedi(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
2楼: Originally posted by wuhaigang at 2012-02-25 15:24:45
这个是需要查找相关文献的，你可以看看保存为pdbqt的文件中，大部分电荷都不是整数的。这个是需要用实验验证的，我用的锌离子，在改后是用0.95e

你好！我在pdbqt文件中把zinc的电荷改成了0.95，不过在autogrid这一步的时候提示没有zinc的电荷，不知道这其中有什么要特别注意的吗？谢谢
赞一下 回复此楼
6楼2014-08-24 15:47:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
longytu5楼
2012-04-02 19:07   回复  
lovedi(金币+1): 谢谢参与
hao [ Last edited by longytu on 2012-4-3 at 08:29 ]
相关版块跳转 我要订阅楼主 lovedi 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 085601专硕，总分342求调剂，地区不限 +4 share_joy 2026-03-16 4/200 2026-03-17 21:32 by hmn_wj
[考研] 299求调剂 +4 △小透明* 2026-03-17 4/200 2026-03-17 20:09 by peike
[考研] 341求调剂 +5 捣蛋猪猪 2026-03-11 7/350 2026-03-17 19:09 by 捣蛋猪猪
[考研] 268求调剂 +8 一定有学上- 2026-03-14 9/450 2026-03-17 17:47 by laoshidan
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 274求调剂0856材料化工 +13 z2839474511 2026-03-11 14/700 2026-03-17 16:51 by share_joy
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林，给自己招师弟中～ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中科院，化学方向，295求调剂 +4 一氧二氮 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:35 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 085600英一数二总分302 前三科235 精通机器学习 一志愿哈工大 +4 林yaxin 2026-03-12 4/200 2026-03-13 22:04 by 星空星月
[考研] 一志愿211化学学硕310分求调剂 +8 努力奋斗112 2026-03-12 9/450 2026-03-13 15:41 by JourneyLucky
[考研] 314求调剂 +7 无懈可击的巨人 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:40 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
[考研] 化工学硕306求调剂 +9 42838695 2026-03-12 9/450 2026-03-13 10:16 by houyaoxu
[考博] 2026年博士申请 +3 QwQwQW10 2026-03-11 3/150 2026-03-12 17:58 by gxch43
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭