| 查看: 2194 | 回复: 8 | ||||
[交流]
Autodock对接结果可信度讨论
|
||||
|
因为最近有在使用autodock，所以有几个问题想请教和大家交流请教以下。 我是用Autodock做环糊精和药物的自动对接，本来是想先用Autodock找出药物和环糊精最稳定的结合位置和构象，然后把该构象拿到Gaussian进一步优化。 一开始，我把格子大小设为60*60*60，可是结果出来的重复性不是很好，最高的那一簇能量总是变化，当然每簇之间相差倒也不大。 后来，我干脆把格子大小设为40*40*40，然后又提高对接次数，结果出来后最高的那一簇能量到是符合了，而且也是能量最低点。可是，我还不满意的是，两次对接结果中，一簇高为81，另一簇高为53，这个偏差就有点大了吧。 我想请教的是： 1。其实我把格子设为40*40*40只是把格子大小为60*60*60的对接结果（能量最低点）拿来然后调整格子大小至40*40*40，观察并没有基团伸到格子外，就拿来用了。但我总觉得这样做好象不是很科学。请问，有没有什么方法可以观察这个对接设置是否可行？ 2。我两次对接结果能量最低点确实是最高簇，可是簇的高度相差有点大，一个81，一个53。这样的话，结果是否可信呢？如果不可信，又该怎么办呢？ 3。在对接结果中，总会提到RMSD，也就是均方根偏差，就是结果构象和目标构象的的偏差统计。我的理解就是每簇中的所有对接构像并不都是一样的，只是刚好RMSD在这个范围内，所以才放到同一簇。所以才会有“结果中选簇最高中的能量最低点这个说法”？我的理解就是即使有能量更低的簇，可是分子在那个构像附近出现的概率较低。不知道这个看法对不对。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子模拟 |
» 猜你喜欢
309分085801求调剂
已经有7人回复
-
生物学308分求调剂（一志愿华东师大）
已经有3人回复
-
求调剂：一志愿：南京大学 专业：0705 总分320 ，本科985，四六级已过
已经有3人回复
-
环境工程 085701，267求调剂
已经有14人回复
-
308求调剂
已经有12人回复
-
求调剂：085600材料与化工，考材科基，总分319
已经有21人回复
-
311求调剂
已经有8人回复
-
294分080500材料科学与工程求调剂
已经有13人回复
-
288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工
已经有19人回复
-
288资源与环境专硕求调剂，不限专业，有学上就行
已经有23人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 要哭了，使用AUTODOCK的大侠们来帮我看看，这个到底问题出在哪啊
已经有10人回复
- 用AutoDock对接的结合能较小，可能是什么原因？
已经有7人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- Autodock对接构象有问题，请教
已经有7人回复
- 【求助】请教Autodock结果分析
已经有8人回复
- 【求助】Autodock分析请教
已经有17人回复
- 【求助】高手求助,Autodock4 最后一步无法对接,弄了几天!
已经有7人回复
- 【求助】autodock对接后小分子被打断的情况
已经有6人回复
- 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？
已经有7人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
南方科技大学新材料重大科技设施研究院 科研助理招聘启事
+5/810
-
【招聘】温州医科大学/附属医院/瓯江实验室李校堃院士团队诚聘博士后和科研人员
+1/189
-
欢迎调剂北京石油化工学院聚合物功能材料组
+1/97
-
2026江西科技师范大学申亮组招硕士研究生
+1/86
-
2026年武汉纺织大学国家杰青课题组招收调剂化学 生物 医学 食品 环境研究生
+1/85
-
广东省五邑大学光电催化团队接受研究生调剂
+1/34
-
大连工业大学轻工与化学工程学院招工科调剂生
+2/32
-
【青岛大学】2026年生物与医药申请考核制博士生招生（含少数民族骨干人才）
+1/19
-
郑大控制学科教授博导研究生招生
+1/14
-
【上海调剂急录】代码1007/1055/0806/0703./0780./0836等速点！！深造资源满格！
+1/11
-
电力全国重点实验室双一流A类长江学者团队招2026年全日制博士1名（4月3日截止）
+1/10
-
招收基础医学、医学技术、医学检验、公共卫生与预防医学、药学等专业硕士研究生调剂
+3/10
-
化工毕业三年转电子信息可行吗？？各位同行前辈
+1/9
-
课题组招收专业代码08开头的学硕！
+1/8
-
福建农林大学生物质能源与材料研究中心调剂（08工科，考数学的来）
+1/8
-
华东师范大学-分析化学-招收1名博士研究生 (2026年，第二批)
+1/6
-
江西科技师范大学敖海勇教授课题组招收理学考研调剂生
+1/6
-
新疆大学 化学专业 硕士研究生调剂信息
+1/5
-
调剂招生化学化工（0817、0856）
+1/4
-
齐齐哈尔大学化学与化学工程学院招收专硕调剂
+1/3
2楼2012-01-14 15:02:23
★ ★ ★ ★ ★ ★
可米kemi(金币+1):谢谢参与
chaizhm(金币+5): 谢谢~ 2012-01-15 14:17:38
可米kemi(金币+20): 哦，那如果想要做二次对接或是三次对接，又该怎么做呢？谢谢。 2012-02-08 22:55:02
可米kemi(金币+1):谢谢参与
chaizhm(金币+5): 谢谢~ 2012-01-15 14:17:38
可米kemi(金币+20): 哦，那如果想要做二次对接或是三次对接，又该怎么做呢？谢谢。 2012-02-08 22:55:02
|
1.关于盒子大小的设置，用Autodock作对接你首先得充分了解你的活性部位，然后把它们全都包围着就可以了。或大或小应该问题不大。因为本来这个对接就是个参考，计算过程中的参数好多都是近似的。并且算是半柔性的。 2.如果你想更可靠，你可以作二次对接，甚至三次对接，不过花费的时间多。 3.RMSD是可以自己设置的，自己设置的越小分簇可能越多，如果最低能量和最高簇是同一簇，那么结果就会更可靠。 玩儿了近三年了。自己理解的吧。具体看你看文献自己理解了。 |
5楼2012-01-14 16:31:15
7楼2012-02-12 13:45:55
9楼2012-10-05 23:29:47
简单回复
2012-01-14 15:32
回复
可米kemi(金币+1):谢谢参与
从此醉80234楼
2012-01-14 16:28
回复
可米kemi(金币+1):谢谢参与
tjcdp6楼
2012-02-05 13:44
回复
可米kemi(金币+1):谢谢参与
longytu8楼
2012-04-02 17:28
回复
chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:48
1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:48 ]
