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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock对接结果可信度讨论
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可米kemi

银虫 (小有名气)

[交流] Autodock对接结果可信度讨论

因为最近有在使用autodock，所以有几个问题想请教和大家交流请教以下。
    我是用Autodock做环糊精和药物的自动对接，本来是想先用Autodock找出药物和环糊精最稳定的结合位置和构象，然后把该构象拿到Gaussian进一步优化。
    一开始，我把格子大小设为60*60*60，可是结果出来的重复性不是很好，最高的那一簇能量总是变化，当然每簇之间相差倒也不大。
    后来，我干脆把格子大小设为40*40*40，然后又提高对接次数，结果出来后最高的那一簇能量到是符合了，而且也是能量最低点。可是，我还不满意的是，两次对接结果中，一簇高为81，另一簇高为53，这个偏差就有点大了吧。
    我想请教的是：
     1。其实我把格子设为40*40*40只是把格子大小为60*60*60的对接结果（能量最低点）拿来然后调整格子大小至40*40*40，观察并没有基团伸到格子外，就拿来用了。但我总觉得这样做好象不是很科学。请问，有没有什么方法可以观察这个对接设置是否可行？
     2。我两次对接结果能量最低点确实是最高簇，可是簇的高度相差有点大，一个81，一个53。这样的话，结果是否可信呢？如果不可信，又该怎么办呢？
     3。在对接结果中，总会提到RMSD，也就是均方根偏差，就是结果构象和目标构象的的偏差统计。我的理解就是每簇中的所有对接构像并不都是一样的，只是刚好RMSD在这个范围内，所以才放到同一簇。所以才会有“结果中选簇最高中的能量最低点这个说法”？我的理解就是即使有能量更低的簇，可是分子在那个构像附近出现的概率较低。不知道这个看法对不对。
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1楼2012-01-14 14:42:19
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hndxdjh

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2012-02-17 22:03:25
在linux下运用命令把dlg文件转化为pdb，选择最低簇和最低能量的那一步的pdb文件复制出来，新建一个pdb文件。然后加氢加电荷做第二次对接。
具体命令的参考文献：J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318；J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430
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7楼2012-02-12 13:45:55
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hndxdjh

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
可米kemi(金币+1):谢谢参与
chaizhm(金币+5): 谢谢~ 2012-01-15 14:17:38
可米kemi(金币+20): 哦，那如果想要做二次对接或是三次对接，又该怎么做呢？谢谢。 2012-02-08 22:55:02
1.关于盒子大小的设置，用Autodock作对接你首先得充分了解你的活性部位，然后把它们全都包围着就可以了。或大或小应该问题不大。因为本来这个对接就是个参考，计算过程中的参数好多都是近似的。并且算是半柔性的。

2.如果你想更可靠，你可以作二次对接，甚至三次对接，不过花费的时间多。

3.RMSD是可以自己设置的，自己设置的越小分簇可能越多，如果最低能量和最高簇是同一簇，那么结果就会更可靠。

玩儿了近三年了。自己理解的吧。具体看你看文献自己理解了。
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5楼2012-01-14 16:31:15
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tjcdp6楼
2012-02-05 13:44   回复  
可米kemi(金币+1):谢谢参与
longytu8楼
2012-04-02 17:28   回复  
chaizhm: 编辑内容 2012-04-02 18:48
1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:48 ]
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