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可米kemi

银虫 (小有名气)

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[交流] Autodock对接结果可信度讨论

因为最近有在使用autodock，所以有几个问题想请教和大家交流请教以下。
我是用Autodock做环糊精和药物的自动对接，本来是想先用Autodock找出药物和环糊精最稳定的结合位置和构象，然后把该构象拿到Gaussian进一步优化。
一开始，我把格子大小设为60*60*60，可是结果出来的重复性不是很好，最高的那一簇能量总是变化，当然每簇之间相差倒也不大。
后来，我干脆把格子大小设为40*40*40，然后又提高对接次数，结果出来后最高的那一簇能量到是符合了，而且也是能量最低点。可是，我还不满意的是，两次对接结果中，一簇高为81，另一簇高为53，这个偏差就有点大了吧。
我想请教的是：
   1。其实我把格子设为40*40*40只是把格子大小为60*60*60的对接结果（能量最低点）拿来然后调整格子大小至40*40*40，观察并没有基团伸到格子外，就拿来用了。但我总觉得这样做好象不是很科学。请问，有没有什么方法可以观察这个对接设置是否可行？
   2。我两次对接结果能量最低点确实是最高簇，可是簇的高度相差有点大，一个81，一个53。这样的话，结果是否可信呢？如果不可信，又该怎么办呢？
   3。在对接结果中，总会提到RMSD，也就是均方根偏差，就是结果构象和目标构象的的偏差统计。我的理解就是每簇中的所有对接构像并不都是一样的，只是刚好RMSD在这个范围内，所以才放到同一簇。所以才会有“结果中选簇最高中的能量最低点这个说法”？我的理解就是即使有能量更低的簇，可是分子在那个构像附近出现的概率较低。不知道这个看法对不对。

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