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faile18

金虫 (小有名气)

[求助] 环形质粒酶切电泳图分析求解

图注:上一排左起分别为maker,对照原始质粒,所有酶均购自Fermentas公司,E1.1,E1.2,E1.3分别为同一个酶(BamHI)不同购买时间的样品;E2为AvrII;E3为Bst119I;E4.2为酶SpeI。
下排左起分别为maker;对照原始质粒;1.1,1.2,1.3为E1.1,E1.2,E1.3分别与E2双酶切(目的条带大小应为1500bp与5800bp);2.1,2.2为E4.1,E4.2分别与E3双酶切(两个酶切位点间隔94bp),E4.1为酶SpeI。
其他:maker为1Kb ladder,质粒大小约7300bp,最大条带为10000,最小片段为250bp。BamHI有星号活性,其余酶均可使用同一种buffer。由于电泳时间较长(90V,50min),下排双酶切小片段(94bp)可能已经跑过,大片段(约7200bp)稍快于未经酶切片段。
问题如下:1、为何BamHI单酶切会出现如此多的条带,为了双酶切我采用的Tango Buffer,可能会导致非特异性增多?预实验时做的与E2的双酶切没有出现如此多的杂带。
2、E2,E3的单酶切是否算成功?跑的要比对照慢,看了几个帖子,有的说线性的要比环形的慢,有的说要快,我有些迷糊。
3、E4.1,E4.2的单酶切是否成功?貌似跑的也比对照要慢一些。
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guojianping

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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西瓜(金币+2): 补上奖励! 2012-01-04 12:21:17
做实验以前先看看你的酶切谱图的酶切位点,用DNAMAN看看你的片段用BamHI会切出来多少?我的黏粒就可以切出来你这么多的条带。肯定不是酶的问题,你的酶质量不错的,这个牌子蛮好的。好好看看书和说明书,你的这个酶切30分钟完全够了。理论上15分钟消化完全,而且是保守估计。
6楼2012-01-01 15:31:30
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