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songxiaobop

金虫 (小有名气)

[求助] 3'RACE做了几次,为什么老是这样子,大家看一下帮帮忙吧,苦闷死了!~

用的是TAKARA的盒子
这个是做巢式PCR的第一轮扩增,似乎是又一条带,然后就按照说明书的要求,取1微升做了第二轮扩增,结果是这个样子。

然后几次做的都是下边这样的:

反转录体系中要求RNA的量是1微克,可是我感觉自己提的RNA浓度比较低,反转录体系是10微升的,怎样保证反转录的效果,怎样检测?
巢式扩增是不是按照说明书上的50微升体系比较好?
这样的结果应该怎样调整一下体系?
快毕业了,很是着急苦闷啊 。
求大家帮帮忙!










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wjm0403

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
wanhscn(金币+2): 鼓励应助!whs 2011-12-07 11:43:58
songxiaobop(金币+2): 2011-12-19 08:42:46
最好是每做一步都做检测,提取RNA后检测RNA的完整性,如果质量不好,RACE很难出结果。一般来说3RACE相对容易做,建议多设计几条RACE引物,一般来说扩增出来的条带全部回收后测序(一条带很可能不是我们感兴趣的),当然大部分是无用的序列,可能只有十分之一二才是目的序列。做RACE是个很熬人的活,我最近做了7个基因的RACE,设计了50多条RACE引物,做了三四轮RACE,回收片段多达120多个,全部做了TA克隆,测序不下200个样,到目前为止6个基因是扩增到全长了,其中一个还是没有拿到目的片段,打算放弃了。做RACE是个体力活,依个人经验来看,回收一两个片段就能得到感兴趣的基因是不可能的。
4楼2011-12-06 23:43:19
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zcy1214

木虫 (著名写手)

普通青年

【答案】应助回帖

★ ★
amisking(金币+2): 鼓励发帖交流。 2011-12-06 20:05:47
songxiaobop(金币+2): 2011-12-19 08:42:38
压根就没带,是不是你反转录有问题的嗯,
我也是新手,我虽然有条带,但不是我要的,呜呜
一起努力哈
达则兼济天下,穷则独善其身
2楼2011-12-06 18:27:48
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songxiaobop

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zcy1214 at 2011-12-06 18:27:48:
压根就没带,是不是你反转录有问题的嗯,
我也是新手,我虽然有条带,但不是我要的,呜呜
一起努力哈

我也怀疑是我的反转录有问题,RNA提的到是还行,就是浓度有点低。
3楼2011-12-06 22:10:46
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shaquila

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): good 2011-12-08 18:47:02
songxiaobop(金币+3): 2011-12-19 08:42:52
做race,特别是5端,用nested引物最保险,不然拿到的很多非特异性扩增条带~~
3'就容易多了,一般的PCR酶,takara的LA可以试试,虽然保真性不好,但扩增效率还不错
5楼2011-12-07 10:00:36
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