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liqianjun

木虫 (小有名气)

[求助] pdb文件,top文件

请问如何将Givew中导处的pdb格式转化为NAMD的pdb格式?或者有没有这样的资料可供参考,看了NAMD的turorial,VMD tutorial,但还是不会弄
还有alpha羟基丙酸的topology file,大家有吗?自己写的话,我弄不懂里面的原子类型、impro如何写。
谢谢,谢谢。
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29050801

新虫 (小有名气)

楼主最后怎么处理的呢?
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
7楼2013-10-03 16:07:37
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查看全部 7 个回答

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
liqianjun(金币+1): 谢谢,但我不会编程,而且刚开始学习用namd,惭愧啊 2011-12-05 15:45:25
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-08 20:25:27
引用回帖:
1楼: Originally posted by liqianjun at 2011-12-05 14:49:32:
请问如何将Givew中导处的pdb格式转化为NAMD的pdb格式?或者有没有这样的资料可供参考,看了NAMD的turorial,VMD tutorial,但还是不会弄
还有alpha羟基丙酸的topology file,大家有吗?自己写的话,我弄不懂里面 ...

了解一下文件的格式,写个程序转换一下就行了
壁立万仞,无欲则刚
2楼2011-12-05 15:43:18
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liqianjun

木虫 (小有名气)

liqianjun: 回帖置顶 2011-12-07 16:20:50
好冷清啊,大家帮帮忙,top文件我不会写,如何将L-丙氨酸改写成L-型的alpha羟基丙酸的top啊?
3楼2011-12-07 16:20:38
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-08 20:25:35
liqianjun(金币+2): 谢谢,原来看了点topology tutorial,不过没有会融会贯通灵活运用,你介绍的这个网页感觉很有用,但还未理解消化,稍后再向你请教 2011-12-08 22:22:03
http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ix-html/node22.html

仔细看看这个,看完之后你也许就能所有发现。
4楼2011-12-08 19:40:09
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