| 查看: 1722 | 回复: 6 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
liqianjun木虫 (小有名气)
|
[求助]
pdb文件，top文件
|
|
|
请问如何将Givew中导处的pdb格式转化为NAMD的pdb格式？或者有没有这样的资料可供参考，看了NAMD的turorial，VMD tutorial，但还是不会弄 还有alpha羟基丙酸的topology file，大家有吗？自己写的话，我弄不懂里面的原子类型、impro如何写。 谢谢，谢谢。 |
回复此楼» 猜你喜欢
272分材料子求调剂
已经有52人回复
-
一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂
已经有31人回复
-
290求调剂
已经有16人回复
-
材料工程085601，270求调剂
已经有35人回复
-
085600材料与化工349分求调剂
已经有4人回复
-
22408 352分求调剂
已经有5人回复
-
268分085602化学工程调剂
已经有30人回复
-
0854调剂
已经有6人回复
-
211本科材料化工求调剂
已经有18人回复
-
化学070300 求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gmx不认小分子PDB残基怎么办？？
已经有4人回复
- 【求助】产生psf文件时出现的Missing atoms for conformation definition
已经有8人回复
- 【求助】水总去不掉，请指点（已解决，谢谢各位帮助）
已经有8人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】无法生成环糊精的psf文件
已经有4人回复
- 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
已经有30人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件
已经有11人回复
- 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗
已经有22人回复
- 【在线答疑】关于NAMD/VMD
已经有210人回复
29050801
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1065.5
- 散金: 6
- 红花: 1
- 帖子: 163
- 在线: 78.4小时
- 虫号: 1765116
- 注册: 2012-04-19
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
7楼2013-10-03 16:07:37
chaizhm
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 123 (高中生)
- 贵宾: 0.25
- 金币: 4796.4
- 散金: 139
- 红花: 13
- 帖子: 1460
- 在线: 267.6小时
- 虫号: 1253209
- 注册: 2011-04-02
- 性别: GG
- 专业: 半导体材料
2楼2011-12-05 15:43:18
liqianjun
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1579
- 散金: 9
- 帖子: 246
- 在线: 125.4小时
- 虫号: 665681
- 注册: 2008-12-01
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
3楼2011-12-07 16:20:38
【答案】应助回帖
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-08 20:25:35
liqianjun(金币+2): 谢谢，原来看了点topology tutorial,不过没有会融会贯通灵活运用，你介绍的这个网页感觉很有用，但还未理解消化，稍后再向你请教 2011-12-08 22:22:03
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-08 20:25:35
liqianjun(金币+2): 谢谢，原来看了点topology tutorial,不过没有会融会贯通灵活运用，你介绍的这个网页感觉很有用，但还未理解消化，稍后再向你请教 2011-12-08 22:22:03
|
http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ix-html/node22.html 仔细看看这个，看完之后你也许就能所有发现。 |
4楼2011-12-08 19:40:09
20
