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liqianjun木虫 (小有名气)
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pdb文件，top文件
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请问如何将Givew中导处的pdb格式转化为NAMD的pdb格式？或者有没有这样的资料可供参考，看了NAMD的turorial，VMD tutorial，但还是不会弄 还有alpha羟基丙酸的topology file，大家有吗？自己写的话，我弄不懂里面的原子类型、impro如何写。 谢谢，谢谢。 |
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chaizhm
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2楼2011-12-05 15:43:18
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3楼2011-12-07 16:20:38
【答案】应助回帖
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御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-08 20:25:35
liqianjun(金币+2): 谢谢，原来看了点topology tutorial,不过没有会融会贯通灵活运用，你介绍的这个网页感觉很有用，但还未理解消化，稍后再向你请教 2011-12-08 22:22:03
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-08 20:25:35
liqianjun(金币+2): 谢谢，原来看了点topology tutorial,不过没有会融会贯通灵活运用，你介绍的这个网页感觉很有用，但还未理解消化，稍后再向你请教 2011-12-08 22:22:03
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http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ix-html/node22.html 仔细看看这个，看完之后你也许就能所有发现。 |
4楼2011-12-08 19:40:09
liqianjun
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看了相关知识，还是一头雾水，请大家接着指教啊 我想把丙氨酸改为alpha氰基丙酸，这是我尝试做的，目前万里长征走了半步都没有啊，很多的不明白， 下面是我改了一部分的丙氨酸 RESI LACTIC 0.00 GROUP ATOM OD OH1 -0.47 ! ATOM HD H 0.31 ! HD-OD ATOM CA CT1 0.07 ! | HB1 ATOM HA HB 0.09 ! | / GROUP ! HA-CA--CB-HB2 ATOM CB CT3 -0.27 ! | \ ATOM HB1 HA 0.09 ! | HB3 ATOM HB2 HA 0.09 ! O=C ATOM HB3 HA 0.09 ! | GROUP ! OE-HE ATOM C C 0.51 ATOM O O -0.51 ATOM OE OH1 -0.47 ! ATOM HE H 0.31 ! BOND CB CA OD HD OD CA BOND C CA C OE OE HE CA HA CB HB1 CB HB2 CB HB3 DOUBLE O C IMPR C O OE CA DONOR OD HD OE HE ACCEPTOR O C 两个羟基氧也能接受呀 IC -C CA *N HN 1.3551 126.4900 180.0000 115.4200 0.9996 IC -C N CA C 1.3551 126.4900 180.0000 114.4400 1.5390 IC N CA C +N 1.4592 114.4400 180.0000 116.8400 1.3558 IC +N CA *C O 1.3558 116.8400 180.0000 122.5200 1.2297 IC CA C OE +CA 1.5390 116.8400 180.0000 126.7700 1.4613IC OD C *CA CB 1.4592 114.4400 123.2300 111.0900 1.5461 IC OD C *CA HA 1.4592 114.4400 -120.4500 106.3900 1.0840IC C CA CB HB1 1.5390 111.0900 177.2500 109.6000 1.1109 IC HB1 CA *CB HB2 1.1109 109.6000 119.1300 111.0500 1.1119 IC HB1 CA *CB HB3 1.1109 109.6000 -119.5800 111.6100 1.1114 红色的字体是我目前改动了的，电荷，键长都还没有改动，现在是想继续改IC但是，还是没有明白拓扑中的这一部分 When specifying the connectivity of a chain of residues in a protein, it is necessary to refer to atoms in the previous or succeeding residue. The CHARMM topology file declares those atom types that will be referenced in adjoining residues as such: DECL -CA DECL -C DECL -O DECL +N DECL +HN DECL +CA 怎么黄色的部分有两个CA啊，还有个正号，正负号不是氨基和羧基接的另外的氨基酸的羧基和氨基的意思吗？ 请大家多多帮忙啊，而且请见谅，我不知道我的帖子发表了是否很乱，真的是不常在网上说话，为了学习namd，这一切都得尝试着来，谢谢 |
5楼2011-12-09 12:10:49
liqianjun
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