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zjf666

铁虫 (正式写手)

[求助] 电泳筛选SSR引物时,只跑出了一条带,这样正常吗?是不是说明SSR引物没有多态性?

6对引物,分别对4个个体(来自不同的群体)基因组DNA进行PCR和电泳,结果每对引物都跑出了一样大小的带(在4个模板中),有谁做过SSR引物开发方面的,欢迎赐教,结果见图。
注:除引物4没有跑出条带,引物3产物偏大外,其他4对引物的产物大小和预期的基本一样。

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日中天0

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

zjf666(金币+10): 呵,后来我加大了胶浓度,延长了跑胶时间,有一些引物可以跑出差异带了。不过最终还是要用PAGE胶的。 2011-10-25 14:49:11
你这个结果很不错的!琼脂糖上是看不出差别的,就一条带。做PAGE检测下吧!
3楼2011-10-25 07:55:03
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liugs

禁虫 (正式写手)

学生芯


【答案】应助回帖

zjf666(金币+5, 博学EPI+1): 谢了 2011-10-25 14:47:39
琼脂糖不能检测到所有的多态性,分辨率太低!
2楼2011-10-25 07:06:11
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zjf666

铁虫 (正式写手)

我最近在做SSR引物开发方面的实验,那位对这方面比较了解,以后可以加强交流啊。准备用Popgen对电泳图进行分析,但现在对电泳条带如何统计还不是很清楚?那位比较了解。
1.进行SSR标记时,每个个体的PCR产物电泳,理论上只能产生一条带或两条带吗?(当然也可能没有条带)
2.用popgen进行分析的时候,群体材料一定是用AA,BB,AB,AC等形式来统计条带吗?进行多物种亲缘关系的分析时,是不是要使用0,1矩阵来统计条带?
忙是为生活,闲时为灵魂,不忙不闲,且看云卷云舒。
4楼2011-10-25 15:10:01
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